1.4. RT-qPCR positiivse nukleiinhappe tuvastamise ja nakkavuse vaheline seos
Ainult need, kes on tegelikult nakatunud, võivad viirust edasi anda ja tekitada haigestumise ohtu ning seetõttu saab neid kasutada nakatumissageduse ja haiguslaine määramiseks:
„PCR tuvastamine on standardne test viirusnakkuste, nagu SARS-CoV-2, diagnoosimiseks. Test tuvastab üksikud patogeeni geenid, kuid mitte puutumata patogeenid. Ja: „Võimalus, et test on positiivne pärast nakkuse kestust, kuna ninas või kurgus on endiselt viirusejääke. Usaldusväärne nakkavuse tõendamine on võimalik ainult keeruliste testidega, mille käigus labor uurib, kas tampoonidest saadud materjal võib elusrakke tappa.“ Selle kirjutas Ärzteblatt 1. veebruaril 2021 [31].
„PCR-test tuvastab SARS-CoV-2 geenisegmente; ta ei ütle selle kohta midagi, kas need on nakkuslikud viirused või viirusejäägid pärast nende läbimist infektsioon. See nõuaks patogeeni kasvatamist.“ Frankfurdi terviseosakonna juhataja väljaanne augustist 2020 [32].
CDC väljaandes 13.07.20 pealkirja all ” [33] leiate lk 38 rubriigist „Piirangud“ (mis on endiselt leitav lk 37):
„CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel For Emergency Use Only Instructions for Use“.
„• Detection of viral RNA may not indicate the presence of infectious virus or that 2019-nCoV is the causative agent for clinical symptoms.”
„CDC 2019-uudne koroonaviirus (2019-nCoV) reaalajas RT-PCR-i diagnostikapaneel ainult hädaolukorras kasutamiseks – kasutusjuhised“.
„• Viiruse RNA tuvastamine ei pruugi viidata nakkusliku viiruse olemasolule või sellele, et 2019-nCoV on kliiniliste sümptomite põhjustaja.“
Asjaolu, et SARS-CoV-2 puhas mRNA tuvastamine ei pea tingimata olema seotud haigusega ja seda ei saa kasutada haiguse hindamise ainsa kriteeriumina, vaid see on vaid vahend kliinilise diagnoosi kinnitamiseks, samuti selge. WHO teabes (avaldatud 20. jaanuaril 2021 [34]:
„Notice for IVD Users 2020/05, Nucleic acid testing (NAT) technologies that use polymerase chain reaction (PCR) for detection of SARS-CoV-2“.
„Teatis IVD kasutajatele 2020/05, Nukleiinhapete testimise (NAT) tehnoloogiad, mis kasutavad SARS-CoV-2 tuvastamiseks polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR)“.
„Notice for IVD Users 2020/05, Nucleic acid testing (NAT) technologies that use polymerase chain reaction (PCR) for detection of SARS-CoV-2“ („Teade IVD kasutajatele 2020/05, Nukleiinhapete testimise (NAT) tehnoloogiad, mis kasutavad SARS-CoV-2 tuvastamiseks polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR)” alates 13. jaanuarist 2021, kirjeldas
„Where test results do not correspond with the clinical presentation, a new specimen should be taken and retested using the same or different NAT technology.”
„Kui testi tulemused ei ühti kliinilise pildiga, tuleks võtta uus proov ja seda uuesti testida sama või mõne muu NAT-tehnoloogiaga.“
Lisaks: „Most PCR assays are indicated as an aid for diagnosis, therefore, health care providers must consider any result in combination with timing of sampling, specimen type, assay specifics, clinical observations, patient history, confirmed status of any contacts, and epidemiological information”.
„Enamik PCR-analüüse on näidustatud diagnoosimise abistamiseks, seetõttu peavad tervishoiuteenuse osutajad arvestama mis tahes tulemusega koos proovide võtmise ajastuse, proovi tüübi, analüüsi eripära, kliiniliste vaatluste, patsiendi ajaloo, kontaktide kinnitatud olek ja epidemioloogiline teave“.
Lanceti väljaandes [35] kirjeldavad autorid RT-qPCR testi järgmiselt: „Meie arvates ei ole praegune PCR-test seetõttu sobiv kuldstandard SARS-CoV-2 rahvatervise testi hindamiseks“, sest nende arvates PCR on endiselt positiivne isegi siis, kui testitud ei ole enam positiivsed, kuna RNA püsib kehas nädalaid ja kuid isegi pärast seda, kui immuunsüsteem on sellega edukalt võidelnud, võib püsida ilma, et inimene oleks endiselt nakkav:
„Once SARS-CoV-2 replication has been controlled by the immune system, RNA levels detectable by PCR on respiratory secretions fall to very low levels when individuals are much less likely to infect others. The remaining RNA copies can take weeks, or occasionally months, to clear, during which time PCR remains positive”.
„Kui immuunsüsteem on SARS-CoV-2 replikatsiooni kontrollinud, langeb PCR-ga tuvastatav RNA tase hingamisteede sekretsioonidel väga madalale tasemele, kui inimestel on palju väiksem tõenäosus teisi nakatada. Ülejäänud RNA koopiate puhastamine võib kesta nädalaid või mõnikord kuid, mille jooksul PCR jääb positiivseks.“
1.5. Järeldus: RT-qPCR testide tähendus koroonaviiruse SARS-CoV-2 nakkuse tuvastamiseks
- Arvestades punktis 1.3 kirjeldatud probleeme, ei ole RT-qPCR sobiv, usaldusväärne (ja heakskiidetud) diagnostikavahend nakkuslike (paljunevate) SARS-CoV-2 viiruste tuvastamiseks.
- Peale selle on puhas RT-qPCR testi tulemus ainult laboriväärtus, punktis 1.4 esitatud teavet silmas pidades. Esitatud aspekti silmas pidades ei esitata ühtegi väidet nakkuslike viiruste esinemise kohta ja seda võib kasutada ainult koos kliiniliste sümptomite diagnoosiga (koguvad tervishoiuteenuse osutajad, Saksamaal arstid).
Kokkuvõte: kasutatav RT-qPCR ei sobi asümptomaatiliste inimeste testimiseks nina-neelu tampooniga, mida tehakse massiliselt kriitikavabalt ja valdavalt mittemeditsiinitöötajate poolt ILMA (siinkohal ülioluline: vastupidiselt WHO nõudele!) anamneesi ja nende sümptomiteta testitud SARS-CoV-2 nakkuse tuvastamiseks.
2. Antigeeni tuvastamine kiirtesti abil
2.1. Kiirtesti mõistete/aluste selgitused
Praegu SARS-CoV-2 diagnoosimiseks kasutatavad „kiirtestid“ põhinevad antigeenitesti põhimõttel, kasutades „külgvoolu“ (lateral flow) testimeetodit. See tuvastab viiruse valgukomponendi.
Antigeen on kolmemõõtmeline valkude ja muude orgaaniliste materjalide struktuur, mida antikehad (immunoglobuliinid) suudavad ära tunda ja siduda.
Viiruse antigeenide puhul on need tavaliselt viiruse struktuurist pärinevad üksikud valgukomponendid (valgud). Need võivad olla terviklikud struktuurvalgud, nagu pinnal olev „spike“ valk (S-valk, need on viiruse joonistel „varred nupud“) või ümbrisvalk („ümbrik“ – E-valk) või valk, millest pärit valk tuumaümbris moodustub (nukleokapsiid = N-valk). Isegi nende terviklike struktuurvalkude fragmentidest piisab sageli antikehadega seondumiseks. Need on niinimetatud epitoobid, mis esindavad ka tegelikku antikeha sidumissaiti puutumata struktuurvalgul. Igal struktuurvalgul on tavaliselt mitmesuguseid epitoope, nii et erinevad antikehad võivad samaaegselt seonduda sama valgu erinevate epitoopidega.
SARS-CoV-2 puhul on kõige olulisemad antigeenid (eelmainitud S-, E- ja N-valgud) need, mis viirusega nakatumisel käivitavad organismis immuunreaktsiooni. Selle tulemusena toodab organism antikehi, mis need antigeenid spetsiifiliselt ära tunnevad ja seejärel nendega seonduvad (antigeen-antikeha reaktsioon), et neutraliseerida viirused ja muuta need immuunrakkude poolt hävitatavaks.
Seda antigeeni-antikeha reaktsiooni saab kasutada laboris antigeenide otsimiseks mis tahes proovist, kasutades sünteetiliselt toodetud antikehi.
Laboris tehtavate nn antigeenitestide (nende eesmärk on tuvastada antigeene antikehade abil, erinevalt nukleiinhappeid tuvastavast RTPCR-ist) põhiprintsiip, et in vitro toodetakse kaks sobivat antikeha, mis tunnevad ära otsitava antigeeni kaks erinevat epitoopi, nn “antikehapaar“. Mõlemad antikehad tuleb valida nii, et nad suudaksid tuvastada ja siduda ainult otsitaval antigeenil soovitud epitoobi, kuid mitte teisi sarnaste antigeenide struktuure. Seetõttu peavad need diagnostikas kasutamiseks olema väga spetsiifilised. Diagnostiliste antikehade kõrge spetsiifilisus tagatakse testi väljatöötamise käigus, kui võrrelda neid paljude väga sarnaste epitoopidega. Siin visatakse ära kõik soovimatuid epitoope seovad antikehad, kuni järele jääb vaid ideaalne antikehade paar, mis vastab nõuetele: väga kõrge spetsiifilisus, kõrged seondumisomadused (tundlikkus) ja puudub vastastikune mõju.
Antigeeni test ehitatakse seejärel sellele antikehapaarile, milles otsitav antigeen on seotud mõlema antikehaga samaaegselt ja asub nende vahel nagu kotlet võileivarullis (seega “võileiva test“) külgvoolu antigeeni kiirtestide jaoks, mida kasutatakse praegu elanikkonna lairiba-testides SARS-CoV-2 antigeenide tuvastamiseks.
Esimene kahest spetsiifilisest antikehast on nii seotud kandematerjaliga, et selle antigeeni sidumissait on vabalt ülespoole suunatud. See on kiirtesti hilisem piirkond, kus värvimuutus annab positiivse signaali. Teine antikeha on ühendatud tuvastamissüsteemiga, mis vastutab hiljem värvireaktsiooni eest, ja asub otse depoona kiirtesti selle punkti kõrval, kuhu proov langeb.
Testi protseduur: kui otsitav antigeen on nüüd tampooniproovis, siin on SARS-CoV-2 valk, kombineeritakse see pärast tuvastamiskasseti testväljale tilkamist depoos esimese spetsiifilise antikehaga. Antigeeni segu seotud esimese antikehaga ja liigsed seondumata antikehad migreeruvad nüüd kapillaarjõudude kaudu depoost katsevälja suunas. Siin seob seal fikseeritud teine spetsiifiline antikeha seejärel antigeeni esimese antikehaga, mis on sellega juba seotud. Lahus migreerub katseväljast väljapoole teise välja, kuhu on kinni jäänud liigsed antikehad (kontrollväli). Katse tuvastamise süsteem hakkab keemilise värvireaktsiooniga nähtavaks muutuma kõikjal, kus esimesed antikehad on seotud. Kontrollväljal põhjustasid selle üleliigsed antikehad, mis olid nüüd siia seotud ja mis tuvastussüsteemi endaga kaasa tõid, andes seega märku, et test toimis põhimõtteliselt probleemideta.
Testväljal on värvimuutus ainult siis, kui antigeen oli tegelikult proovis ja oli seotud teise seal fikseeritud antikehaga. Antigeen on testiväljale jõudnud juba esimese antikeha ja tuvastussüsteemiga, sellisel juhul algab siit ka keemiline värvusreaktsioon, mis viib testitavas piirkonnas värvimuutuse (tavaliselt lilla triibuni). Kui soovitud antigeen oli tampooniproovis, võib see siduda esimese antikeha ja koos tuvastamissüsteemiga transportida selle fikseeritud teise antikeha juurde, mis seejärel selle antigeeni-antikeha tuvastamissüsteemi kompleksi kinni püüab ja seega selles positiivse signaali punkt.
Värvimuutus katseväljal (“positiivne“ signaal), mis kiirtestis nähtavaid triipe põhjustab, peetakse keemiliseks reaktsiooniks ja seetõttu võivad seda mõjutada reaktsioonitingimused, näiteks pH väärtus või prooviga kaasas olevad kemikaalid ja testivälja (test) selge usaldusväärsuse nõrk koht. See seletab paljusid internetis ringlevaid videoid, mis antigeeni kiirtestide abil tuvastavad SARS-CoV-2 õunamahlas, punases veinis, õlles jne.
2.2. Põhiteave antigeeni kiirtesti diagnostilise tähtsuse kohta
Sarnaselt RT-PCR-ga ei saa ka kiirantigeenitestid põhimõtteliselt tõestada, kas leitud viiruse antigeen kuulub puutumata nakkavasse viirusesse või on immuunsüsteemi poolt tapetud viiruste jääk (fragment).
Hoolimata sellest nakkavuse informatiivse väärtuse üldisest piirangust, kiirtestid on vaid soovituslikud ja neil puudub usaldusväärne diagnostiline tähtsus.
Tuntuim kiirtest enne koroonaaegu oli raseduse kiirtest, mis töötab samal põhimõttel kui antikeha-antigeeni test. Rasedushormoon (HCG) toimib siin aga antigeenina. Kui uuritavas uriinis on seda piisav kogus, näitab test „positiivset“, antud juhul tõenäoliselt rase. Kuid kiirtestist üksi ei piisa, kuna arst kasutab diagnoosi tegemiseks HCG määramist veres ja ultraheli.
SARS-CoV-2 komponentide tuvastamiseks mõeldud antigeenide kiirtestid võivad anda ainult viiteid võimalikule kolonisatsioonile või nakkavusele ja nende suhtes kehtivad sarnased piirangud nagu RT-qPCR.
2.3. Antigeeni kiirtestide usaldusväärsust mõjutavad tegurid
2.3.1. Eeltesti tõenäosus
RKI selgitab infograafikas rubriigis „Corona-Schnelltest-Ergebnisse verstehen“ („Covidi kiirtesti tulemused mõista“), et eeltesti tõenäosuse aspekt kehtib nii antigeeni kiirtestide kui ka RT-qPCR testide kohta. [36]
RKI esitatud arvutusnäide antigeeni kiirtestide tõlgendamiseks eeldab realistlikku stsenaariumi, mis põhineb antigeenitestide tundlikkusel (tundlikkus) 80% ja spetsiifilisusel (usaldusväärsus) 98%, kusjuures ka siin [37] on sõnaselgelt mainitud: „Tuleb märkida, et erinevate kaubanduslikult saadavate testide jõudluses on olulisi erinevusi“ [38].
Kui 5 inimest 10 000 testitud inimesest on SARS-CoV-2-ga tegelikult nakatunud, jääb ikkagi 200 valepositiivset testi ja 4 tõeliselt positiivset testi. See tähendab, et 1 tõeliselt nakatunud inimene 10 000 inimese kohta jääks vahele, kuid 200 saaks valepositiivse tulemuse ja seetõttu peavad nad olema karantiinis/isolatsioonis, kuni RT-qPCR test annab “kõik selge“. Näiteks 1000 õpilasega koolitesti puhul tähendaks, et 20-le öeldaks vale “Oled koroonapositiivne“ ja kool suletakse esialgu kuni järeltestimiseni “puhangukohana“. Selliseid juhtumeid on ajakirjanduses juba kajastatud.
- Nürnbergi lähedal Altdorfis andis antigeeni kiirtestis positiivse tulemuse 180 keskkooliõpilasest 29, millest 28 osutus kontrollimisel negatiivseks (Merkur: [39])
- Potsdamis andis 36-st õpetajast 12 antigeeni kiirtesti positiivse tulemuse ja nad saadeti karantiini. Pärast kontrollimist osutusid kõik testitulemused valepositiivseteks [40]
- Medscape on isegi pealkiri: „200 valepositiivset, 8 avastati, 2 tähelepanuta jäetud – miks lastearstid ja noorukid on massiliste kiirtestide suhtes skeptilised [41]
Isegi kui tõeliselt nakatunud inimeste määr testitud inimeste rühmas oleks väga kõrge, nagu RKI teises arvutusnäites (10 000-st testitud inimesest 1000), oleks kiirtestide tabamusmäär halb ja 180 inimesest saaksid valepositiivse teistitulemuse 200 testi kohta. Peamine mõju on siin testi halb tundlikkus.
RKI kodulehel olevas „Hinweisen zur Bewertung der Ergebnisse aus AG-Testen“ (Teabes AG-testide tulemuste hindamisest”) (märkus: antigeeni kiirtestid) on käsitletud valepositiivsete antigeenitestide probleemi:
„AG-testi kasutades positiivne testitulemus tekitab kahtluse ülekandega seotud SARS-CoV-2 infektsiooni ja nõuab valepositiivsete tulemuste vältimiseks PCR-i uuesti testimist. Arvestades ebaõigete tulemuste potentsiaalselt olulisi tagajärgi on kõrged nõudmised mitte ainult antigeenitestide tundlikkusele, vaid ka spetsiifilisusele. Madala levimuse/testieelse tõenäosuse ja madala testispetsiifilisuse korral oleks oodata suurt valepositiivsete tulemuste arvu ja vastavat lisakoormust ÖGD-le meetmete kehtestamise ja vajaduse korral tühistamise tõttu.“ [42]
2.3.2. Tundlikkus (tundlik)
Antigeeni test ei tekita nii tugevat (eksponentsiaalset) väljundsignaali võimendust nagu RT-qPCR, vaid ainult piiratud signaali võimendust keemilise värvireaktsiooni kaudu, seepärast on seda tüüpi test oluliselt vähem tundlik kui RNA tuvastamine võrdluseks kasutatud RT-qPCR-ga.
Antigeenide kiirtestide “alatulemus“ on Lanceti artikli teema [43], kuid siin see on antigeeni kiirtesti (siin nimetatakse LTF-iks, külgvoolutestiks) tulemus:
„[…] in all six observed cases, viral loads were very low (Ct ≥29 reflecting around <1000 RNA copies per mL in the laboratory used)—when LFT should be negative.”
„[…] kõigil kuuel täheldatud juhul oli viiruskoormus väga madal (Ct ≥29, peegeldades ligikaudu <1000 RNA koopiat ml kohta kasutatud laboris) – kui LFT peaks olema negatiivne“ (rõhuasetused lisatud).
Norra uuring (aprill 2021) [44] kinnitab seda järeldust, et kiirtestide ebatäpsus on sümptomiteta inimestel ebarahuldavalt kõrge ja et ainult sümptomitega inimesi on võimalik tuvastada mis tahes täpsusega. Autorid järeldavad:
„Our results indicate that the test correctly identified most infectious individuals. Nevertheless, the sensitivity is considerably lower than for PCR“.
„Meie tulemused näitavad, et test tuvastab õigesti enamiku nakkusohtlikke inimesi. Sellegipoolest on tundlikkus oluliselt madalam kui PCR-i puhul“.
See oletatav tundlikkuse puudumine on kõige levinum kriitikapunkt, kui esitatakse teateid antigeeni kiirtestide ebausaldusväärsuse kohta. Pharmazeutische Zeitung [45] kirjutab, et „antigeeni kiirteste saab enamasti kasutada väga suure viiruskoormusega nakkusohtlikel inimestel“. Keppler selgitab: „Siiski ei saa kiirtesti negatiivse tulemusega infektsiooni usaldusväärselt välistada. Siin on aga aluseks antigeeni kiirtesti võrdlemine RT-qPCR-ga, et ainult osa RT-st ehk -qPCR tampooniproovid on positiivsed, mis muutuvad positiivseks ka antigeeni kiirtestis.
RKI epidemioloogiabülletään 3/2021 kajastab kiirtestidega uuringut Stuttgardi kliinikus (alates lk 11: [46]). Tabel 1 näitab, et 18 asümptomaatilisest inimesest, kelle SARS-CoV-2 RNA test oli RT-qPCR abil positiivne, oli antigeeni kiirtestis positiivne signaal ja 42-st sümptomaatilisest inimesest 36-l, „kuna antigeenitesti tundlikkus on asümptomaatilistel inimestel väga piiratud, ei saa selle kollektiivi individuaalne testimine piisavalt välistada SARS-CoV-2 nakatumist. Madala Ct väärtusega (st kõrge viiruskoormusega) väga nakkavad inimesed tuvastatakse piisava kindlusega.“ Andmed näitavad: „Alates Ct väärtusest 22 või vähem, oli antigeenitesti avastamismäär 100%.“
See näide näitab väga selgelt, et usaldusväärne antigeeni test, kui see on õigesti tehtud, korreleerub väga hästi sümptomitega inimestel, kellel on RT-qPCR kiire reaktsioon (madal CT väärtus), asümptomaatilised inimesed ja ainult RT-qPCR positiivsed inimesed, kellel on kõrge CT väärtus. See räägib antigeeni kiirtestide tõelisest tähtsusest kõrge viiruskoormuse tuvastamisel sümptomitega inimestel. Kuid nende andmete kohaselt ei sobi test sümptomiteta inimeste testimiseks nii nakatuda võivate inimeste usaldusväärseks tuvastamiseks kui ka tervete inimeste usaldusväärseks negatiivseks tuvastamiseks. Selline leid saavutati ka praeguses Frankfurdi uuringus [47], kus kasutati kolme antigeeni kiirtesti (seal AG-RDT, Antigen-Rapid diagnostic test) võrreldi rakukultuuris samadest proovidest võetud viiruskultuuriga ja korreleerus RT-qPCR-ga. Autorid kirjutavad abstraktselt:
„In contrast, three Ag-RDTs demonstrated a more significant correlation with cell culture infectivity (61.8–82.4%).”
„Seevastu kolm Ag-RDT-d näitasid olulisemat korrelatsiooni rakukultuuri nakkavusega (61,8–82,4%).“
See tähendab, et nendest proovidest, mis olid antigeenitestis positiivsed, saadi positiivset tulemust ka viiruse kultiveerimisel oluliselt kõrgema tabamussagedusega kui oluliselt tundlikumate RT-qPCR “positiivsete” puhul reprodutseeritava viiruse vahelisele suurele kokkuleppele sümptomaatiliste patsientide proovis [48]. Siin võrreldi kaubanduslikku kiirantigeenitesti viiruse kultiveerimisega rakukultuuris ja RT-qPCR-ga. See näitab antigeenitesti kõrget tabamust (positiivset tulemust) ainult siis, kui proovid sisaldasid ka reprodutseeritavat viirust. Siin sai viirusi kasvatada 85-st 147 proovist (=58%), mis olid positiivsed antigeeni kiirtestis ja RT-PCR-is (siin CT-ga umbes 22), kuid ainult 11-st 124 proovist (= 9%), kes olid RT-qPCR positiivsed (siin CT 33-34), kuid antigeeni kiirtest oli negatiivne.
Üldiselt võib nendest avaldatud andmetest märkida järgmist:
- Proovid, millest saab rakukultuuris kasvatada viiruseid, st millel on suur (nakkuslik) viiruskoormus, tuvastatakse hea täpsusega 162 antigeeni kiirtesti ja madala CT-ga (alla 25) RT-PCR abil.
- Proovid, millest ei saa rakukultuuris viirusi kasvatada: on hinnatud ja õigesti rakendatud antigeeni kiirtestides tavaliselt negatiivsed (peale valepositiivsed – vt 2.3.3) ja neil on kõrged CT väärtused RT-qPCR-is (tavaliselt üle 33). Need proovid pärinevad valdavalt asümptomaatiliselt testitud inimestelt ja tõestavad, et neil juhuslikel ilma kliiniliste sümptomiteta “positiivsetel“ ei ole nakkuslikku viiruskoormust.
2.3.3. Usaldusväärsus (spetsiifilisus): valepositiivsete tulemuste välistamine
Paljud kasutatavad antigeeni kiirtestid ei ole veel läbinud regulaarset CE-märgise vastavushindamismenetlust ja on saanud BFArMi eriloa vastavalt meditsiiniseadmete seaduse paragrahvile 11 [49]. Neid teste viivad laialdaselt läbi ka väljaõppeta mittemeditsiinitöötajad või isegi “enesetestidena“.
Antigeeni kiirtestide läbiviimise küsimuses räägib professor dr. Oliver Keppler, Müncheni Ludwig Maximiliansi ülikooli Max Pettenkoferi instituudi viroloogia juht 13. jaanuaril 2021 väljaandes Pharmazeutische Zeitung ilmunud artiklis [50]:
„[…] need testid tuleb samuti õigesti läbi viia. See peaks olema koolitatud spetsialistide kätes. „Nüüd on tekkinud mõte värvata vanade- ja hooldekodudesse selliseid teste läbi viima suur hulk tööotsijaid. Kui kasutatakse koolitamata töötajaid, olen mures, et testitulemuste usaldusväärsus kannatab veelgi.“
Praegune Cochrani ülevaateartikkel „Aktualisierter Cochrane Review bewertet Zuverlässigkeit von Schnelltests zum Nachweis von COVID-19“ („Värskendatud Cochrane’i ülevaade hindab kiirtestide usaldusväärsust COVID-19 tuvastamiseks“) [51] jõuab ka sama järelduseni, et antigeeni kiirtestid on sümptomitega inimestele oluliselt usaldusväärsemad kui sümptomiteta testitud inimestele. Kuid isegi sümptomitega inimestel on selles uuringus hinnatud parimate kiirtestide usaldusväärsus märkimisväärselt piiratud, seega kirjeldavad autorid järgmisi stsenaariume:
- 1000 sümptomitega inimesest koosnevas populatsioonis, kellest 50 inimesel on tegelikult COVID-19, testivad need kiirtestid eeldatavasti õigesti umbes 40 inimest, tuvastades kui COVID-19 nakatunud ja 6–12 COVID-19 juhtumit jääb vahele. 5–9 positiivsetest testitulemustest osutuvad ülevaatamisel valepositiivseteks.
- 10 000-st ilma sümptomiteta inimesest koosnevas rühmas, kus 50 inimest on tegelikult nakatunud SARS-CoV-2-sse, tuvastatakse 24–35 inimest õigesti viirusekandjatena ja 15–26 juhtu jäetakse vahele. Võib eeldada, et testid annavad 125–213 positiivset tulemust ja 90–189 neist positiivsetest tulemustest on tegelikult valepositiivsed.
Katse spetsiifilisuse puudumisest tingitud valepositiivsete tulemuste tagajärgede kohta vt 2.3.1. „Eeltesti tõenäosus“.
- Järeldus:
Masstestimiseks kasutatavad antigeeni kiirtestid ei anna teavet nakkavuse kohta, kuna need suudavad tuvastada ainult valgukomponente, mis ei ole seotud terve reprodutseeritava viirusega.
- Testitud inimeste nakkavuse hindamise võimaldamiseks tuleks läbiviidud positiivset testi (sarnaselt RT-qPCR-ga) võrrelda individuaalselt võimega kasvatada uuritavast proovist viirusi, mis on äärmiselt varieeruva olukorra korral võimatu, ja kontrollimatud katsetingimused.
- Testide madal spetsiifilisus põhjustab palju valepositiivseid tulemusi, millel on tarbetud isiklikud (karantiin) ja sotsiaalsed tagajärjed (nt koolide sulgemine, haiguspuhangu teated), kuni need osutuvad valehäireteks.
Täpsema teabe saamiseks viidatakse asjaosaliste kirjalikele esildistele.
Kirjandus
[1] nt Primer Blast https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
[2] https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay – v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf
[3] https://www.who.int/docs/default – source/coronaviruse/protocol-v2-1 . pdf?sfvrsn=a9ef618c_2
[4] https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/331329/ WHO-COVID-19-laboratoorium – 2020.4-est.pdf?sequence=1&isAllowed=y
[5] Saadaval ainult Interneti vahemälus: https://www.oder-spree-piraten.de/wp – content/uploads/2020/05/Ge%C3%A4ndertes-Befundlayout-der-SARS-CoV2-PCR – Tulemused – _-Labor-Augsburg-MVZ-GmbH.pdf
[6] https://corona – gemeinschaft.de/wp-content/uploads/2020/07/Instand-Ringprüfung-Virusgenom-Nachweis – SARS-CoV-2.pdf
[7] Joonis 1e, Wölfel et al., https://doi.org/10.1038/s41586-020-2196-x
[8] https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
[9].https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_53-0777_96_Wuhan-R– gene_V200204_09155376001%20%282%29.pdf
[10] https://www.wiwo.de/technologie/forschung/virologe-drosten-im-gespraech-2014-die-who – kann-nur-ommenden-ausfragen/ 9903228-2.html
[11] https://doi.org/10.1093/cid/ciaa638
[12] https://academic.oup.com/cid/article/72/11/e921/5912603
[13] https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus- testing .html
[14] https://www.ncid.sg/Documents/Period%20of%20Infectivity%20Position%20Statementv2.pdf
[16] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2027040
[17] https://www.mdpi.com/2077-0383/10/2/328
[18] https://www.finddx.org/covid-19/ (algne link ei avanenud 16.10.2024)
[19] Ülevaate praegu kasutatavatest kaubanduslikest komplektidest koos nende konveieriandmetega leiate aadressilt http://www.finddx.org/covid-19/pipeline/?section=molecular-assays#diag_tab (link ei avane 16.10.2024)
[21] https://www.instand-ev.de/System/rv – files/Zusammenfassung%20der%20Sampleproperties%20and%20Setpoints%20Virology%20340%20Juni %20July%202020% 2020200911a.pdf (link pole saadaval 16.10.2024)
[22] http://www.annclinlabsci.org/content/34/4/389.full.pdf+html
[23] https://www.instand-ev.de/System/rv-files/340%20DE%20SARS – CoV-2%20Genom%20April%202020%2020200502j.pdf
[24] https://www.youtube.com/watch?v= Uk1VK1RENtE
[25] https://www.eurosurveillance.org/ content/10.2807/ 1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
[27] https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tbed.13684
[29] https://www.tib-molbiol.de/de/covid-19
[30] https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_53-0777_96_Wuhan-R-gene_V200111_09155376001.pdf
[31] https://www.aerzteblatt.de/nachrichten/120745
[33] https://www.fda. gov /media/134922/download
[34] https://www.who.int/news/item/20-01-2021-who-information-notice-for-ivd-users-2020-05
[35] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00425-6/fulltext#%20
[36] https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Antigentests_Tab.html
[37] https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Vorl_Testung_nCoV.html
[38] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.01.20203836v1 https://www.medrxiv.org/node/
[41] https://deutsch.medscape.com/artikelansicht/4909842?form=fpf
[42] https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Vorl_Testung_nCoV.html
[43] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00425-6/fulltext#%20)
[44] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33736946/
[46] https://www.rki.de/DE/Content/Infekt/EpidBull/Archiv/2021/03/Tabelle.html
[47] https://www.mdpi.com/2077-0383/10/2/328
[48] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7821766/
[49] https://www.rki.de/DE/Content/Infekt/EpidBull/Archiv/2021/Ausgaben/03_21.html
[50] https://link.springer.com/article/10.1007/s00430-020-00698-8
[Eelnevalt refereeritud / tõlgitud 8. aprilli 2021. aasta Weimari ringkonnakohtu otsusega (viide: F 148/21) õigeks võetud kohtuekspertiisi aruannete kohta esitatud dokumendi koopiat saab vaadata: https://www.mwgfd.org/wp-content/uploads/2021/04/2021-04-08-Amtsgericht-Weimar-9-F-148-21-EAO-Beschluss-anonym-2021-04-08_online.pdf. Lk 20-163/1-178
Lühendid
AWMF Meditsiiniliste Teadmiste Juhtimise Instituut (Arbeitsgemeinschaft der Wissenschaftlichen Medizinischen Fachgesellschaften e. V.) annab soovituslikke juhiseid teadusliku meditsiini ekspertteadmisi kasutades. „Selleks arendatakse AWMF-i juhiste süsteemi pidevalt digitaalselt. Suuniste tegevuste edendamiseks ja edasiarendamiseks otsustas AWMF-i juhatus 24. märtsil 2009 asutada AWMF-i meditsiinialaste teadmiste haldamise instituut (AWMF-IMWi).“ Arbeitsgemeinschaft der Wissenschaftlichen Medizinischen Fachgesellschaften e. V., https://www.awmf.org/die-awmf/imwi
BfArM Föderaalne Ravimite ja Meditsiiniseadmete Instituut (Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte) on § 1 BGA-NachfG alusel Saksamaa Liitvabariigi föderaalne asutus, mis asub Bonnis Õiguslikust seisukohast on BfArM juriidiliselt mittepädev föderaalne institutsioon. „Instituut tegutseb föderaalse tervishoiuministeeriumi jurisdiktsiooni all ja selles töötab ligikaudu 1350 inimest. Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte,.wikipedia.org,.https://de.wikipedia.org/wiki/Bundesinstitut_f%C3%BCr_Arzneimittel_und_Medizinprodukte#cite_note-3.
CDC Haiguste Tõrje ja Ennetamise Keskus (Centers for Disease Control and Prevention) on Ameerika Ühendriikide riiklik rahvatervise agentuur. CDC on föderaalne agentuur tervishoiu- ja inimteenuste ministeeriumi alluvuses ning selle peakorter asub Georgia osariigis Atlantas. Agentuuri kohustuseks on tagada rahvatervise ja ohutuse kaitsmine haiguste, vigastuste ja puuete tõrje ja ennetamise kaudu siseriiklikult ja kogu maailmas. CDC on rahvusvahelise riiklike rahvatervise instituutide assotsiatsiooni asutajaliige. Haiguste Tõrje ja Ennetamise Keskus, wikipedia.org, https://en.wikipedia.org/wiki/-Centers_for_Dis-ease_Control_and_Prevention.
DGP Saksamaa Pneumoloogia ja Hingamisteede Meditsiini Selts (Deutsche Gesellschaft für Pneumologie und Beatmungsmedizin e. V.) on asutatud 17. oktoobril 1910. aastal Berliinis. Seltsi väljaandmisorganiks on alates 1981. aastast ajakiri „Pneumoloogia”. Selts on pühendunud „teaduse, uurimistöö ja õpetamise, täiendõppe ja koolituse, ennetamise, patsiendihoolduse ja taastusravi edendamisele kogu pulmonoloogia, sealhulgas intensiivravi meditsiini valdkonnas, keskendudes hingamisteede meditsiinile”. Deutsche Gesellschaft für Pneumologie und Beatmungsmedizin, wikipedia.org, https://de.wikipedia.org/wiki/Deutsche_Gesellschaft_f%C3%BCr_Pne-umologie_und_Beatmungsmedizin
DAAB Saksamaa Allergia- ja Astmaliit (Deutsche Allergie- und Asthmabund, DAAB) asutati 1897. aastal Helgolandi heinapalaviku ühendusena. Patsiendiorganisatsioon asub Mönchengladbachis. DAAB on ta sotsiaalpoliitiliselt seotud tarbijakaitsega. Deutscher Allergie- und Asthmabund, Wikipedia, https://de.wikipedia.org/wiki/Deutscher_Aller-gie-_und_Asthmabund
HUI Hamburgi Keskkonnainstituut (Das Hamburger Umweltinstitut – Zentrum für soziale und ökologische Technik e.V., HUI) on Hamburgi sõltumatu mittetulundusühing, mis tegeleb keskkonnateemalise teadustööga. Instituudi asutasid 1989. aastal Michael Braungart ja Monika Griefahn. HUI – Hamburger Umweltinstitut, hamburger-umweltinstitut.org, https://-hamburger-umweltinstitut.org/hui/
ECDC Haiguste Ennetamise ja Tõrje Euroopa Keskus (European Centre for Disease Prevention and Control) on Euroopa Liidu (EL) amet, mille ülesanne on tugevdada Euroopa kaitset nakkushaiguste vastu. ECDC hõlmab näiteks: seire, reageerimine, nõuanded, mikrobioloogia, valmisolek, rahvatervise koolitus, rahvusvahelised suhted, tervisekommunikatsioon ja ajakiri Eurosurveillance. ECDC kohta: Haiguste Ennetamise ja Tõrje Euroopa Keskus. 2017-05-18, https://www.ecd-c.europa.eu/en/about-ecdc. ECDC asutati 2004. aastal ja selle peakorter asub Rootsis Solnas (Stockholmi maakond). ECDC tööd reguleeriv keskne dokument on EL-i määrus (EÜ) nr 851/2004
OECD Majanduskoostöö ja Arengu Organisatsioon (Organisation for Economic Co-operation and Development; Organisation de Cooperation et de développement économiques, OCDE) on rahvusvaheline organisatsioon, mis asutati 1961. aastal, et arendada oma liikmesriikide majanduskasvu ja vabakaubandust ning suurendada sotsiaalset heaolu. OECD peakorter asub Parantsusmaal Château de la Muette, endine Rothschildide pangandusperekonna häärber Pariisis. OECD kontorid asuvad ka Berliinis, Mexico Citys, Tokyos ja Washingtonis. Members and partners, OECD, https://www.oecd.org/-en/about/members-partners.html
RKI Robert Kochi Instituut (Robert Koch-Institut) on Saksamaa Liitvabariigi föderaalvalitsuse asutus ja uurimisinstituut, mis vastutab haiguste tõrje ja ennetamise eest. Instituut asub Berliinis ja Wernigerodes. Kõrgema föderaalse asutusena allub RKI föderaalsele tervishoiuministeeriumile. RKI asutati 1891. aastal Nobeli preemia laureaadi Robert Kochi algatusel. Instituudil on ligikaudu 15 alalist teaduskomiteed, nagu alaline vaktsineerimiskomitee (STIKO) ning haiglahügieeni ja nakkuste ennetamise komisjon (KRINKO). 125 Years Robert Koch Institute: The Public Health Institute, Rki.de (2016),.https://www.rki.de/D-E/Content/Institut/Geschichte/Jubilae-umsbuch_2016.pdf?__blob=publicationFile
GfV Viroloogia Selts (Gesellschaft für Virologie e.V.) on asutatud 1990. aastal. Seltsi ülesandeks on saksa kultuuriga seotud maades edendada haridusalast tegevust, pakkudes nõustamisteenuseid. Selts on AWMF-i liige 1991. aastast. Arbeitsgemeinschaft der Wissenschaftlichen Medizinischen Fachgesellschaften e. V., https://www.awmf.org/-fachgesellschaften/gesellschaft-fuer-virologie-e-v-gfv
WHO Maailma Terviseorganisatsioon (World Health Organization) on ÜRO spetsialiseeritud asutus, mis vastutab rahvusvahelise rahvatervise eest. WHO peakorter asub Genfis, Šveitsis ning sellel on kuus piirkondlikku kontorit. WHO-l on 150 kohapealset kontorit kogu maailmas. Maailma Terviseorganisatsioon, Wikipedia.org, https://en.wikipedia.-org/wiki/-World_Hea-lth_Organization#cite_note-Jan_24-2. – toim.]
