Kas viirused on olemas? Jah, on küll!

Lihtne ja amatöörlik lähenemine keskmise rumala tüübi poolt teema uurimiseks, õigete küsimuste esitamiseks ja vastuste loogiliseks kokkupanekuks.

Jasoni poolt, 14. aprill 2025

Vältisin avatud tehisintellekti puhul teadlikult liiga sügavale laskumist tehnilistesse detailidesse, et tekst oleks kergesti mõistetav. Minu eesmärk on, et kõik saaksid sisust aru ja saaksid sellele edasi ehitada ilma teaduslikku žargooni uppumata.

Kuna olen võhik, on see tekst võimalikult lihtne, sisaldades kõiki vajalikke detaile – või loodetavasti ka õigeid lisateavet. Mida arvate? Andke teada!

Järgisin omaenda tähelepanekutel ja mõtisklustel põhinevat mõttekäiku ning rakendasin seda küsimusele, kuidas ma vastaksin viiruste olemasolule. Tulemuseks oli järgmine:

Küsimus: Kas olete kursis Kevin McKernani avastusega plasmiidi ja DNA saastumisest Pfizeri vaktsiinides?

ChatGPT vastas:

Jah, ma olen teadlik Kevin McKernani väidetest DNA saastumise kohta Pfizeri ja Moderna COVID-19 vaktsiinides. McKernan, genoomikateadlane ja Medicinal Genomicsi asutaja, on tuvastanud kaheahelalise plasmiidse DNA mõlema tootja vaktsiiniviaalides. Samuti leidis ta Simian Virus 40 (SV40) promootorjärjestuse, mida on varem seostatud vähiriskidega. Allikad: Children’s Health Defense, theaussiewire.com, Truth for Health Foundation, Cancer News, World Council for Health.

Tema leiud viitavad sellele, et DNA saastumine ületab regulatiivsete asutuste, näiteks FDA ja Euroopa Ravimiameti kehtestatud piire. McKernan väljendas muret, et see lipiidnanoosakestega kaitstud DNA võib integreeruda inimese genoomi, mis võib potentsiaalselt terviseprobleeme põhjustada. Allikad: 21cir.com, SlightlyOffensive, Children’s Health Defense.

Ka teised teadlased ja organisatsioonid, näiteks Maailma Tervisenõukogu, on kinnitanud plasmiidse DNA ja SV40 järjestuste olemasolu vaktsiiniproovides. Suured tervishoiuasutused pole neid leide aga veel avalikult kinnitanud. McKernan teatas, et sellised ametiasutused nagu FDA ei ole tema paljastustele vastanud. Allikad: Maailma Tervisenõukogu, Cancer News.

Kuigi need väited on tekitanud muret, pole peavoolu teadus- ja regulatiivringkonnad neid laialdaselt tunnustanud ega valideerinud. Väidete kontrollimiseks ja nende olulisuse hindamiseks on vaja täiendavaid sõltumatuid uuringuid ja ametlikke juurdlusi.

Sa ütlesid:

Kas saaksite mulle selgitada, milliseid teaduslikke meetodeid ta nende avastuste tegemiseks kasutas?

ChatGPT vastas:

Kevin McKernan kasutas COVID-19 mRNA vaktsiiniviaalide sisu analüüsimiseks täiustatud genoomika ja molekulaarbioloogia tehnikaid. Siin on ülevaade kasutatud meetoditest:

1. Järgmise põlvkonna sekveneerimine (NGS)
McKernan kasutas Illumina sekveneerimist, mis on NGS-i vorm, mis loeb DNA järjestusi täpselt ja suures mahus. Ta eraldas vaktsiiniviaalidest materjali ja sekveneeris selle, et teha kindlaks, kas DNA saasteaineid leidub.
Eesmärk: DNA saasteainete tuvastamine ja identifitseerimine.
Tulemus: Ta leidis plasmiidse DNA, sealhulgas bakteriaalsed järjestused ja promootorelemendid, näiteks SV40.

2. PCR (polümeraasi ahelreaktsioon)
McKernan kasutas PCR-i vaktsiiniproovides sisalduvate spetsiifiliste järjestuste, eriti SV40 promootori järjestuse amplifitseerimiseks, mida puhta mRNA formulatsiooni puhul ei oodata.
Eesmärk: Kinnitada spetsiifilisi DNA fragmente.
Tulemus: Amplifikatsioon kinnitas nende järjestuste olemasolu.

3. Bioinformaatiline analüüs:
Pärast sekveneerimist kasutas ta bioinformaatika tööriistu DNA järjestuste võrdlemiseks teadaolevate plasmiidide ja viirusgenoomide andmebaasidega.
Eesmärk oli tuvastada tuvastatud järjestuste päritolu ja funktsioon.
Tulemuseks oli tuvastada SV40 võimendaja/promootori elemendid, mida tavaliselt kasutatakse geeniekspressioonisüsteemides.

4. Plasmiidide kaardistamine ja annotatsioon
McKernan rekonstrueeris plasmiidikaardid viaalidest saadud järjestuste põhjal ja võrdles neid vaktsiinide tootmisprotsessis mRNA transkriptsiooniks kasutatavate järjestustega.
Eesmärk: määrata saastumise allikas.
Tulemus: Ta leidis selliseid elemente nagu pUC päritolu ja kanamütsiini resistentsusgeenid, mis on bakteriaalsetele plasmiididele tüüpilised.

Oluline kontekst:
Plasmiidne DNA pole mRNA-vaktsiini tootmisel täiesti ootamatu, kuna mRNA transkriptsiooniks kasutatakse DNA malle. Need tuleks aga eemaldada või hoida regulatiivsetest piiridest allpool. McKernani väide on:

• DNA saastumise hulk oli tunduvalt üle FDA piirmäära (10 ng annuse kohta).
• DNA kapseldati lipiidnanoosakestesse, mis potentsiaalselt võimaldas selle omastamist inimese rakkudesse ja tekitas küsimusi genoomse integratsiooni kohta.

Kas soovite nende tehnikate kohta üksikasjalikumat selgitust või seda, miks SV40 promootor on vastuoluline?

Sa ütlesid:

Kas te oskate öelda, millistes teistes teaduse, bioloogia, keemia, tehnoloogia, tootmise ja meditsiini valdkondades neid tehnikaid veel kasutatakse?

ChatGPT vastas:

Jah, absoluutselt! McKernani kasutatavad meetodid – näiteks NGS, PCR ja bioinformaatika – on standardsed tööriistad paljudes teaduse ja tehnoloogia valdkondades. Siin on ülevaade sellest, kus neid kasutatakse:

1. Järgmise põlvkonna sekveneerimine (NGS)
Bioloogia ja genoomika

• Inimese genoomi projekt: kogu genoomi kaardistamine.
• Vähiuuringud: kasvaja mutatsioonide avastamine.
• Evolutsioonibioloogia: liikide geneetiliste suhete uurimine.
• Mikrobioomi uuringud: organismide identifitseerimine soolestikus, pinnases või veeproovides.
  Meditsiin
• Personaalne meditsiin: ravi kohandamine geneetilistele profiilidele.
• Haruldaste haiguste diagnoosimine: geneetiliste põhjuste kindlakstegemine.
• Nakkushaigused: patogeenide sekveneerimine (nt COVID-19 pandeemia ajal).
  Biotehnoloogia ja farmaatsia
• Ravimite arendus: geneetiliste sihtmolekulide identifitseerimine.
• Vaktsiiniuuringud: RNA/DNA konstruktide valideerimine prekliinilistes testides.

2. PCR (polümeraasi ahelreaktsioon)
kohtuekspertiis

• DNA sõrmejälgede võtmine: kuriteopaigalt leitud DNA sobitamine isikutega.
  Meditsiiniline diagnostika
• COVID-19 testimine: PCR on viirusliku RNA tuvastamise kuldstandard.
• Geneetiline skriining: pärilike haiguste, näiteks tsüstilise fibroosi, tuvastamine.
  Põllumajandus
• GMO-testimine: geneetiliselt muundatud taimede identifitseerimine.
• Taimepatogeenide tuvastamine: põllukultuuride nakkuste varajane avastamine.

3. Bioinformaatika
süsteemibioloogia

• Radade analüüsid: geenide interaktsioonide mõistmine võrgustikes.
• Valkude modelleerimine: valgu struktuuride ja funktsioonide ennustamine.
  Ravimite väljatöötamine
• Sihtmärgi tuvastamine: ravimite molekulide leidmine.
• Molekulaarne dokkimine: ravimite valkudega seondumise ennustamine.
  Tehisintellekt ja masinõpe
• Mustrite äratundmine geneetilistes andmetes: haigusriskide ennustamine.

4. Plasmiidide kaardistamine ja annotatsioon.
Molekulaarbioloogia.

• Geenikloonimine: rekombinantse DNA tootmine uurimis- või tootmisotstarbel.
• CRISPR geeni redigeerimine: vektorite kujundamine CRISPR komponentide kohaletoimetamiseks.
  Biotehnoloogiline tootmine
• Valgu ekspressioonisüsteemid: plasmiidide kasutamine bakterites või pärmis insuliini, ensüümide jms tootmiseks.
• Rakuliinide konstrueerimine: monoklonaalsete antikehade või vaktsiinide tootmine.

Kokkuvõtlik tabel:

Need tööriistad on nagu tänapäeva teaduse Šveitsi armee nuga – need on kõikjal levinud, äärmiselt mitmekülgsed ja pidevalt arenevad. Kas soovite süveneda nende rakendusse konkreetses valdkonnas, näiteks vähiuuringutes või kohtumeditsiinis?

Sa ütlesid:

Mitte veel, aitäh. Kas teate, et on olemas liikumine, mis usub, et viiruseid pole olemas?

ChatGPT vastas:

Jah, ma olen selle liikumisega tuttav – seda nimetatakse sageli “viiruse eitamiseks” või “viiruse teooria tagasilükkamiseks”. See on äärmuslik arvamus, mis on pälvinud märkimisväärset tähelepanu internetis, eriti COVID-19 pandeemia ajal ja pärast seda.

Siin on lühike ülevaade nende uskumustest ja sellest, kuidas need erinevad väljakujunenud teadusest:

Liikumise „viirusi ei eksisteeri” põhitõed

• Väide: Viiruseid pole kunagi korralikult isoleeritud ega tõestatud, et need põhjustavad haigusi.
• Argument: See, mida nimetatakse viirusteks, on tegelikult eksosoomid ehk rakujäägid.
• Iduteooria vaidlustamine: nad lükkavad iduteooria tagasi ja pooldavad selle asemel maastiku teooriat, mis näeb haiguste peamise tegurina sisemist tervist („maastikku“).
• Skeptitsism viroloogia suhtes: Nad väidavad, et viroloogia põhineb vigastel meetoditel (nt kaudne tuvastamine, tsütopatoloogilised efektid rakukultuurides).

Vaade väljakujunenud teadusele

• Viiruse isoleerimine: Viirused isoleeriti erinevate meetodite abil – ultratsentrifuugimine, elektronmikroskoopia, naastuanalüüsid jne.
• Genoomi sekveneerimine: Kogu viiruse genoomid (sealhulgas SARS-CoV-2) on sekveneeritud nakatunud inimestelt üle maailma.
• Reprodutseeritavad mõjud: Viroloogid saavad viirusinfektsioone paljundada laborimudelites (loomad, koed, rakukultuurid).
• Vaktsiinid ja viirusevastased ravimid: need toimivad ainult siis, kui need on suunatud millelegi reaalsele – näiteks spetsiifilistele viirusvalkudele või paljunemisprotsessidele.

Kus arutelu kuumeneb

• Viroloogia kriitikud väidavad:
  • Kochi postulaatide (mis töötati välja enne viiruste avastamist) kohaselt puudub „puhas isolatsioon“.
  • Toksiliste rakukultuuride kasutamine katsetes.
  • Erinevused viirusosakeste tuvastamisel elektronmikroskoopia abil.
• Teadlased vastavad:
  • Viroloogia on arenenud Kochi postulaatidest palju kaugemale.
  • Isolatsiooninõuded varieeruvad sõltuvalt viiruse tüübist.
  • Molekulaarsed tõendid (näiteks järjestusandmed ja valkude ekspressioon) on tohutud.

Miks see on oluline?
See liikumine on seotud laiema umbusaldusega järgmiste suhtes:

• Meditsiiniasutused
• farmaatsiaettevõtted
• Pandeemiavastased meetmed
• vaktsineerimised

Mõned selle liikumise silmapaistvad tegelased on dr Stefan Lanka, kes on viiruseteooriat kohtus vaidlustanud, ja Andrew Kaufman, kes toetab maastikuteooriat ja seab kahtluse alla viiruse isoleerimise meetodid.

Kas soovite nende peamiste argumentide ja nende vastu esitatud tõendite üksikasjalikku võrdlust? Või kuidas see seisukoht mõjutab rahvatervist?

Sa ütlesid:

Ei, aitäh. Kas kunagi on mõni viirus isoleeritud?

ChatGPT vastas:

Jah, viiruseid on viimase sajandi jooksul eraldatud mitu korda ja mitmel viisil. Viiruse eraldamine tähendab viiruse eraldamist muust materjalist, et seda saaks otse uurida – ja see on saavutatud väljakujunenud teaduslike meetodite abil.

Siin on ülevaade viiruste isoleerimisest koos näidetega:

1. Filtreerimine ja rakukultuur (klassikaline isoleerimine)

• Varased viroloogid avastasid, et mõned patogeenid võivad läbida peeneid filtreid, mis bakterid kinni püüdsid.
• Seejärel lisati need patogeenid elusrakkudele (nt kanamunadele või kultiveeritud inimese rakkudele), kus need põhjustasid tsütopaatilisi efekte (nähtavat rakkude kahjustust).
• See oli üks esimesi viiruse eraldamise meetodeid.
  Näiteks eraldati polioviirus sel viisil 1940. aastatel, mis viis vaktsiinide väljatöötamiseni.

2. Elektronmikroskoopia

• Pärast isoleerimist ja puhastamist saab viirusi otse elektronmikroskoobi abil visualiseerida.
• See meetod on kinnitanud paljude viiruste ja nende ainulaadsete vormide olemasolu.
  Näiteks on sageli pildistatud herpes simplex viirust ja bakteriofaage (viiruseid, mis nakatavad baktereid).

3. Molekulaarne isoleerimine

• Tänapäeval identifitseeritakse ja isoleeritakse viirusi ka geneetilise sekveneerimise teel.
• Nende kogu genoomi saab sekveneerida kliinilistest proovidest (nt ninaproovidest), eristades viiruse RNA-d või DNA-d peremeesorganismi materjalist.
  Näiteks sekveneerisid Hiina teadlased SARS-CoV-2 genoomi täielikult 2020. aasta jaanuaris, mis võimaldas testide ja vaktsiinide väljatöötamist kogu maailmas.

4. Ultratsentrifuugimine ja tihedusgradiendi isoleerimine

• Viiruseid saab peremeesrakkudest eraldada kiire tsentrifuugimise teel.
• See meetod isoleerib terved viiruseosakesed suuruse ja tiheduse põhjal.
  Näide: kasutatakse vaktsiinide tootmisel ja gripi, HIV, Ebola jne uuringutes.

Isolatsiooni tõestus praktikas:

• Bakteriofaagid: Petri tassidel on bakterikolooniaid sõna otseses mõttes näha nakatamas („naastu tekitamas“).
• Vaktsiinid: Nõuavad isoleeritud viirust (elusat, nõrgestatud või inaktiveeritud) või selle geneetilist järjestust – see toimib ainult tõelise isoleerimise korral.
• Viirusearhiivid: Sellised institutsioonid nagu ATCC või CDC säilitavad ja levitavad isoleeritud viirusproove laboritesse üle maailma.

Kokkuvõttes: jah, viiruseid pole mitte ainult isoleeritud, vaid ka pildistatud, sekveneeritud, kultiveeritud, inaktiveeritud, geneetiliselt muundatud ja kasutatud meditsiiniliste ravimite tootmiseks.

Kas soovite näha visuaalseid tõendeid või viiteid konkreetse viiruse kohta?

Sa ütlesid:

Mitte veel, aitäh. Tahaksin kõigepealt paar küsimust esitada ja mõned stsenaariumid läbi vaadata.

ChatGPT vastas:

Olgu, alustame! Esitage mulle oma küsimusi või stsenaariume – ma olen valmis.

Sa ütlesid:

“Viirusteta” rühm väidaks, et see, mida me viirusteks nimetame, on lihtsalt eksosoomid, mis tekivad raku lagunemisel pärast tsütopaatilist efekti. Kas see on tõsi?

ChatGPT vastas:

Jah, see on õige – see on üks „viirusevaba“ liikumise peamisi väiteid.

Mida nad ütlevad:
Nad väidavad, et viroloogid identifitseerivad viirustena tegelikult eksosoomid ehk rakuvälised vesiikulid – väikesed osakesed, mida rakud stressi või vigastuse ajal vabastavad. Täpsemalt:

• Laborikultuurides esinevaid tsütopaatilisi efekte (näiteks rakkude surm või irdumine) tõlgendavad viroloogid viiruse replikatsiooni tõendina.
• Viiruse eitajad väidavad, et need mõjud on põhjustatud toksilistest laboritingimustest, näiteks toitainete puudusest, antibiootikumidest või võõrast seerumist kultuurikeskkonnas.
• Vabanenud osakesed ei ole nakkusohtlikud viirused, vaid eksosoomid, mis näevad elektronmikroskoobi all sarnased välja.

Mis on eksosoomid?

• Eksosoomid on väikesed, membraaniga ümbritsetud vesiikulid (30–150 nm), mida rakud vabastavad.
• Nad transpordivad valke, lipiide ja RNA-d ning mängivad rolli rakkude kommunikatsioonis ja jäätmete kõrvaldamises.
• Elektronmikroskoobi all võivad nad sarnaneda viirustega – see on „viirusevaba“ grupi argument.

Teaduslikud vastuväited:
Viroloogia teeb selget vahet viiruste ja eksosoomide vahel:

Praktika tõendid:

• Viirusnakkused võivad rakukultuurides CPE-d korduvalt edasi anda.
• Genoomide järjestamine paljastab ainulaadsed, struktureeritud viirusgenoomid, mitte fragmenteeritud peremeesorganismi materjali.
• Loommudelitel on näha järjepidev replikatsioon ja sümptomid.
• Viirusevastased ravimid ja vaktsiinid on suunatud spetsiifilistele viirusmehhanismidele, mis eksosoomides puuduvad.

Väide, et viirused on eksosoomid, on vastuolus aastakümneid kestnud molekulaarsete, genoomsete ja funktsionaalsete uuringutega, mis eristavad viirusi selgelt teistest rakulistest osakestest.

Kas soovite teada, kuidas laborid eristavad eksosoome viirustest? Või kuidas need osakesed katsetes erinevalt käituvad?

Sa ütlesid:

Mitte veel. Hoidkem see võimalikult lihtsana ja nii kaua kui võimalik. See on mõeldud võhikutele.

ChatGPT vastas:

Selge – edaspidi hoian asja ülilihtsana ja selgena. Esita oma järgmine küsimus või stsenaarium alati, kui oled valmis.

Sa ütlesid:

Kui ma kasutan uurimistööks rakuliini, kas on õige väita, et viirusega nakatumisel võimaldab see viirusel paljuneda? Kui ei, siis kas see avaldab tsütopaatilisi efekte?

ChatGPT vastas:

Sul on peaaegu õigus – hea küsimus! Vaatame asja lihtsalt lahti:

Kui rakuliin on viirusele vastuvõtlik:

• Viirus siseneb rakku, paljuneb ja levib teistesse rakkudesse.
• See võib põhjustada tsütopaatilisi efekte (CPE), näiteks rakkude kõverdumist, purunemist või suremist.
• Seega: CPE tekib seetõttu, et viirus paljuneb edukalt.

Kui rakuliin ei ole vastuvõtlik:

• Viirus ei saa rakke nakatada.
• Ilma replikatsioonita viirus kahju ei tekita.
• Tavaliselt tsütopaatilist efekti ei teki, välja arvatud juhul, kui midagi muud (nt toksilised tingimused) rakke kahjustab.

Lühidalt:

• CPE on sageli viiruse replikatsiooni märk (kui rakud on viirusele vastuvõtlikud).
• Infektsiooni puudumine = tavaliselt tsütopaatiline efekt puudub, välja arvatud juhul, kui kultuuri põhjustavad muud stressitegurid.

Kas soovite lihtsat selgitust või analoogiat selle toimimise kohta?

Sa ütlesid:

Olgu. Kui viirust ei lisata, mis võib rakuliinis tsütopaatilisi efekte põhjustada?

ChatGPT vastas:

Hea küsimus – ja ülioluline on mõista mõlemat poolt. Kui viirust ei lisata, võivad tsütopatoloogilised efektid (CPE) tekkida muudel põhjustel. Siin on kõige levinumad, lihtsalt selgitatuna:

1. Mürgised kultuuritingimused

• Toitainete puudus: Kui sööde on halb, siis rakud nälgivad.
• pH tasakaalutus: rakud on tundlikud happesuse või leeliselisuse suhtes.
• Saastunud seerum: Seerumit (sageli lehmadelt pärinevat) kasutatakse rakkude kasvuks, kuid halb kvaliteet võib rakke kahjustada.

2. Antibiootikumid või kemikaalid

• Bakterite ennetamiseks lisatakse sageli antibiootikume (nt gentamütsiini), kuid need võivad kahjustada tundlikke rakke.
• Trüpsiin (kasutatakse rakkude eraldamiseks) võib olla kahjulik, kui seda valesti käsitseda.

3. Bakterite, seente või mükoplasmadega saastumine

• Mükoplasmad on pisikesed bakterid, mis kahjustavad kultuure aeglaselt.
• Bakterid või seened võivad kultuure saastata ja rakke tappa.

4. Liiga paljunemine või ülerahvastatus

• Kui rakud kasvavad liiga tihedalt, jääb neil ruumist, hapnikust või toitainetest puudu ning nad surevad.
• See näeb mikroskoobi all välja nagu CPE.

Kokkuvõte:
CPE ei tähenda automaatselt viiruse olemasolu. Rakke rakukultuuri tassis võivad kahjustada paljud teised tegurid. Seetõttu rõhutab “viiruseta” rühm, et ainuüksi CPE ei ole viiruse olemasolu tõend – välja arvatud juhul, kui on võimalik tõestada, et põhjuseks on viirus.

Kas soovite teada, kuidas teadlased kinnitavad, et põhjuseks oli viirus, mitte toksilised tingimused?

Sa ütlesid:

Nüüd minu järelküsimus: kui ma võtan rakuliini, jagan selle kahte rühma – üks kontrollrühmaks ja teine ​​töödeldakse nakatunud inimese (nt gripihaige) kopsutampooniga – ja kannan tampooni teise rühma, peaks viirus teises rühmas paljunema, samas kui esimesel rühmal ei tohiks esineda tsütopaatilisi efekte ega naastude moodustumist. Tegelikult ei tohiks esimesel rühmal üldse viiruse tunnuseid olla.

ChatGPT vastas:

Jah, sa kirjeldasid just klassikalist viiruse isoleerimise katset loogiliselt ja lihtsalt – hästi tehtud! Vaatame seda samm-sammult:

Teie seadistus:

• Kaks identset rakurühma (sama rakuliin).
• 1. rühm (kontrollrühm): Midagi pole lisatud.
• 2. rühm (test): Nakatunud inimeselt (nt gripiviirusega inimeselt) võetud tampoon kantakse rakkudesse.

Mis juhtub, kui viirus on olemas:

Mida see näitab:

• Kui ainult testrühmal esineb CPE/naastud ja kontrollrühm jääb samades tingimustes terveks, viitab see tugevalt nakkusliku patogeeni olemasolule määrdproovis.
• Kui see efekt on reprodutseeritav, ülekantav ja materjali saab uute rakkude nakatamiseks uuesti ekstraheerida, toetab see viiruse olemasolu.

See on aluseks järgmisele:

• Viiruse naastude testid
• Viiruse isoleerimine
• Kochi postulaatide tänapäevased versioonid
• Vaktsiinide testimine
• Viirusevastaste ravimite testid

Oluline detail:
Sa peaksid tampooni filtreerima, et eemaldada bakterid või mustus ja võimalusel materjali sekveneerima, et kinnitada, et tegemist on viirusega. Aga sinu loogika on täiesti õige.

Kas soovite teada, milline näeb välja “naastu moodustumine” või kuidas kinnitada, et efekt on viiruslik?

Sa ütlesid:

Ma jõuan selleni kohe. Aga praegu võiksin võtta teisest rühmast kasvatatud viirused ja korrata katset veel mitmes rakuliinis, kasutades samu protokolle.

ChatGPT vastas:

Täpselt – te kirjeldate korduvat tsüklit, mis kinnitab paljuneva, nakkava patogeeni olemasolu. See on viroloogia põhiprintsiip.

Mida sa teed:
Paljunev patogeen:

• Tungib rakku,
• Loob endast koopiaid,
• Levib uutesse rakkudesse,
• Põhjustab järjepidevaid, jälgitavaid mõjusid.

Sinu sammud:

• Nakatage esimene testrühm tampoonimaterjaliga.
• Oodake CPE-d või naastusid.
• Koguge vedelik või lüüsitud rakud („viiruse supernatant“).
• Nakatage sellega uusi rakuliine.
• Jälgige sama infektsioonimustrit – sama CPE, samad naastud.

Miks see on oluline:

• Kui see oleks lihtsalt rakkude stress või saastumine, siis see ei paljuneks nii järjepidevalt.
• Viiruse põhiomadus on võime nakkust koorest kooresse levitada.
• Saate isegi viirust tiitrida: lahjendada seda järk-järgult ja jälgida naastude või CPE proportsionaalset vähenemist – see on veel üks nakkusliku patogeeni tunnus.

Viirused nagu leetrid, gripp, lastehalvatus, HIV ja SARS-CoV-2 on isoleeritud ja uuritud. Olete õiges kohas!

Kas olete valmis süvenema kinnitustehnikatesse? Või soovite uurida seost viiruste eitamise argumentidega?

Sa ütlesid:

Olen täiesti nõus. Kui see oleks lihtsalt tsütopaatiline efekt, ei suudaks ta seda efekti taasesitada. Surnud jäägid ei saa sel viisil paljuneda.

ChatGPT vastas:

Täpselt – ideaalselt öeldud! Surnud rakkude materjal, näiteks jäägid, eksosoomid või praht, ei saa:

• Tungida uutesse rakkudesse,
• Kaaperdage nende masinad,
• Teha endast koopiaid,
• Või levivad järjepidevalt ja kontrollitult.

Paljunemine = eluprotsess
Kuigi viirused ei ole traditsioonilises mõttes “elavad”, on neil ainulaadne võime: kui nad sisenevad sobivasse peremeesrakku, muudavad nad selle viirustehaseks. See muudab nad nakkavaks – nad ei ole passiivne rämps, vaid programmeeritud geneetiline materjal, millel on üks eesmärk: paljuneda ja levida.

Korduvus on võtmetähtsusega.
Seetõttu on viiruskatsed korratavad:

• Sama sisend (viirus),
• Samad tingimused (vastuvõtlik rakuliin),
• Sama tulemus (nakkus, CPE, naastud).

Kui tegemist oleks lihtsalt eksosoomide või rakujäätmetega, võiksite näha juhuslikku toksilisust, aga:

• See ei kanduks edasi samamoodi,
• See ei amplifitseeriks rakuliinide vahel,
• Ja selle põhjal ei saaks struktureeritud genoomi sekveneerida.

Sul on täiesti õigus: prügi ei saa paljuneda. Viirused aga saavad. See näitab, et nad ei ole prügi.

Kas te nüüd tahate uurida, kuidas teadlased kinnitavad, et tegemist on viirusega? Või kuidas sekveneerimine mängu tuleb?

Sa ütlesid:

Mitte veel. Peame arvestama “viiruseta” inimeste argumendiga. Nad ütlevad, et tsütopaatilisi efekte põhjustavad patogeenid, antibiootikumid, kemikaalid või laborikeskkond. Nende arvessevõtmiseks peaksime arvestama järgmisega: kui võtame A- ja B-rühma, anname neile üledoosi kemikaaliga, kiiritame valgusega, tekitame stressi või nälga – teeme kõike, mis muudab nad bioloogilise sisu “supiks” –, siis on mõlemal rühmal endiselt samad orgaanilised komponendid kui varem.

ChatGPT vastas:

Jah, te olete täiesti õigel teel – te loote aluse selgele eristusele välise stressi põhjustatud rakkude lagunemise ja viirusnakkuse vahel.

Stsenaarium: Mõlemad rühmad satuvad stressi ja muutuvad „supiks“.
Te võtate:

• A-rühm ja B-rühm (sama rakuliin),
• Ja paneb mõlemad kokku samade toksiliste tingimustega:
  • Nälga,
  • Antibiootikumide või seerumi üledoos,
  • Kiiritada UV-valguse või kuumusega,
  • Lisa toksiine.

Mõlemad rühmad surevad ja lagunevad bioloogiliseks “supiks”.

Mis siis juhtub?
Teil on:

• Peremeesrakkude RNA ja DNA fragmendid,
• Eksosoomid või rakujäägid,
• Valgud, lipiidid, ensüümid ja muud rakujäätmed.

Kuid
see “supp” ei paljune, kui seda lisada uutele, tervetele rakkudele. Seda võib leida järgmistest allikatest:

• Uus rakukultuur,
• Veel üks kauss,
• Anna sellele teine ​​rakuliin – ja midagi ei juhtu, kui pole kohal paljunevat patogeeni, näiteks viirust.

Miks see on oluline:

• Kui tsütopaatiline efekt (CPE) pärines ainult toksiinidest või rakkude lagunemisest, laguneksid mõlemad rühmad (kontroll- ja testrühm).
• „Supi“ uude katsesse ülekandmine tooks kaasa ainult mittenakkuslikku rämpsu – korduvaid, viiruselaadseid efekte ei kaasneks.
• Surnud materjal ei käivita ahelreaktsiooni.

Viiruse korral:

• Näete iga kord sama mustrit.
• Esineb eksponentsiaalne levik (kuna see kordub).
• Saate järjestada järjepideva geneetilise mustri.

Sa tabasid naelapea pihta: stress võib rakke tappa, aga viirust see ei tekita.

Kas soovite teada, kuidas teadlased replikatsiooni testivad või kuidas kontrollrühmad stressiargumentidega toime tulevad?

Sa ütlesid:

Järgmine samm “viirusevaba” rühma jaoks: võtame rakuliini, jagame selle uuesti kaheks rühmaks, kuid jätame mõlemad kontrolliks. Seejärel rakendame samu tingimusi, et muuta see bioloogiliseks “supiks”. Mõlemad rühmad sisaldavad täpselt samu orgaanilisi komponente kui varem. Keemiline reaktsioon ei saa kuidagi luua uusi bioloogilisi genoome, ühendeid ega mõõtmisi.

ChatGPT vastas:

Täpselt – olete puudutanud bioloogia ja keemia põhiprintsiipi: surnud materjal ei organiseeru iseenesest uuteks, funktsionaalseteks bioloogilisteks genoomideks.

Stsenaarium: Kaks kontrollgruppi – Mõlemad stressis – Mõlemast saab „supp“

• Mõlemas rühmas alustate sama rakuliiniga.
• Viirust ei lisata, mõlemat ravitakse identselt – nälg, stress jne.
• Mõlemad rühmad jagunevad “supiks” koos:
  • RNA fragmendid,
  • DNA fragmendid,
  • valgud,
  • lipiidid,
  • rakumembraanid,
  • Eksosoomid.

Mis edasi saab?
Teil on toorainet, näiteks keemilise lekke korral. Aga:

• Need fragmendid ei moodusta uut genoomi.
• Nad ei organiseeru viiruseks.
• Nad ei paljune.
• Nad ei loo midagi uut, ei struktuurilt ega funktsionaalselt.

See on nagu autoosade omamine pärast avariid – vanarauast uut mootorit ei saa teha.

Miks?

• Fragmentidest ei teki mingit bioloogilist plaani.
• Koordineeritud replikatsiooniks puuduvad ensüümid ega mehhanismid.
• Puudub kodeeriv struktuur, kapsiid ega nakkustee.

Tähtis:
Kui proovite „suppi“, leiate:

• Puudub täielik, struktureeritud genoom.
• Puuduvad järjepidevad, ülekantavad mustrid.
• Uutes rakuliinides nakkuslikku käitumist ei esine.

Järeldus:

• Sa ei saa viirust “supist” “keeta”.
• Rakkude lagunemine või stress ei tekita viirust eikuskilt.
• Kui miski paljuneb, nakatab ja paljuneb, peab see olema juba olemas organiseeritud kujul.

See on järjekordne tõestus, et viirused ei ole juhuslikud prahitükid.

Kas soovite uurida, kuidas teadlased genoomi struktuuri kinnitavad? Või uurida lähemalt “viiruseta” rühma loogikat?

Sa ütlesid:

Kõike eelnevat arvesse võttes, kui võrrelda A-rühma (platseebo) B-rühmaga, keda raviti gripiprooviga ja muuta mõlemad bioloogiliseks “supiks”, kas saame kirjeldatud meetodite abil mõõta iga rühma koostist? Kas leiame, et A-rühm sisaldab ainult algseid bioloogilisi komponente ja B-rühm samu komponente pluss proovist võetud viirust? Kas saame seejärel B-rühmas viiruse tuvastada?

ChatGPT vastas:

Jah, sa kirjeldasid võimsat ja loogilist eksperimenti, mis näitab täpselt, kuidas viiruste tuvastamine toimib. Vaatame selle selgelt ja lihtsalt läbi:

Kaks gruppi pärast eksperimenti:

• A-rühm (platseebo/kontrollrühm):
  • Viirust pole lisatud, stress – saab „supi“.
  • Sisaldab ainult seda, mis algselt rakkudes oli:
    • Peremeesorganismi DNA ja RNA
    • Valgud,
    • lipiidid,
    • Eksosoomid
    • Rakkude praht.
• B-rühm (test):
  • Gripivaktsiiniga töödeldud, stressis – muutub „supiks“.
  • Sisaldab:
    • Kõik, mis A-grupil on, pluss:
      • Replikeeritud viiruseosakesed,
      • Struktureeritud viiruslik RNA (nt gripiviirus),
      • Võimalikud viirusvalgud (näiteks hemaglutiniin, neuraminidaas),
      • Nakkuslikud viiruseosakesed.

Avastamistehnikate rakendamine (nagu McKernani puhul):
Kasutades tänapäevaseid molekulaarbioloogia vahendeid, saame võrrelda kahte „suppi”:

Vastus teie küsimusele:

• Jah, A-rühm näitab ainult normaalseid rakulisi komponente.
• B-rühm näitab kõike A-rühmast, lisaks geneetilisi ja füüsikalisi tõendeid viiruse võime kohta uutes rakukultuurides paljuneda.

See näitab:

• Viirus oli olemas (sest me suudame seda tuvastada).
• Viirus on paljunenud (sest meil on seda rohkem).
• See ei ole juhuslik raiskamine (sest see käitub järjepidevalt ja nakkavalt).

Kas soovite teada, kuidas eristada teatud viiruseid (nt grippi teistest hingamisteede viirustest) sekveneerimise või PCR-i abil?

Sa ütlesid:

Mitte veel. Kas see sobib Kochi postulaatidega?

ChatGPT vastas:

Suurepärane küsimus – nüüd on ideaalne hetk Kochi postulaatide käsitlemiseks. Vaatame need lihtsalt läbi ja vaatame, kuidas teie katse siia sobitub.

Kochi postulaadid (lihtsustatud):

1. Patogeen peab leiduma kõigis haigetes, kuid mitte tervetes organismides.
2. See tuleb haigestunud organismist eraldada ja kasvatada puhaskultuuris.
3. Tervislikku organismi sattudes peaks see haigusi tekitama.
4. See tuleb uuesti isoleerida äsja nakatunud organismist ja kinnitada identsust algse patogeeniga.

Kuidas teie katse sobib:

1. Leitud haigetel inimestel, mitte tervetel:
   • Gripiviirus oli nakatunud inimese tampooniproovis, mitte kontrollrühmas.
   • Täidetud.
2. Isoleeritud ja puhtakultuuris kasvatatud:
   • Viirus lisati puhtale rakuliinile (B-rühm), mis näitas replikatsiooni ja tsütopaatilist efekti.
   • Sa kultiveerisid selle kliinilisest proovist.
   • Täidetud.
3. Põhjustab haigusi tervetel inimestel:
   • B-rühma (viirusega) materjal nakatab uusi rakke, näitab tsütopaatilist efekti ja paljundab viirust.
   • Loommudelites (in vivo) vallandaks see sümptomeid – mõned tänapäevased katsed seda ka teevad.
   • Täidetud (in vitro mudelite puhul; osaliselt organismides testitud).
4. Jällegi isoleeritud ja identne:
   • Saate viiruse võtta äsja nakatunud rakkudest, selle sekveneerida ja näidata, et see on sama genoom kui algsel patsiendil.
   • Täidetud.

Tänapäeva adaptatsioon:
Kochi postulaadid töötati bakterite jaoks välja 19. sajandil. Tänapäeva viroloogia kasutab molekulaarseid postulaate, mis arvestavad järgmisega:

• Viirused vajavad kasvamiseks peremeesrakke.
• Molekulaarsed tööriistad nagu PCR, sekveneerimine ja immunoanalüüsid.
• Eetilised piirid (inimesi ei saa alati nakatada).

Sinu loogiline lähenemine sobib ideaalselt nende tänapäevaste postulaatidega, eriti in vitro kontekstis.

Kokkuvõte: Jah, teie katse vastab Kochi postulaatidele (viiruste jaoks kohandatud) väga hästi.

Kas sooviksite näha näiteid reaalsete viiruste, näiteks gripi, leetri või SARS-CoV-2, avastamisest?

Sa ütlesid:

Mitte veel. Kui rakuliin, mida pole kunagi millegagi nakatunud, näitab tsütopaatilisi efekte, uurime lühidalt, mis seda põhjustada võib.

ChatGPT vastas:

Absoluutselt – oluline punkt, eriti viiruse puudumise argumentide ümberlükkamiseks. Kui rakuliin, mis pole kunagi viirusega kokku puutunud, näitab tsütopaatilist efekti, peame küsima: mis võis selle põhjustada?

Rakukultuurides esineva tsütopaatilise efekti (CPE) levinumad mitteviiruslikud põhjused:

1. Mürgised kemikaalid või saasteained
   • Lahustite, puhastusvahendite või liiga paljude antibiootikumide jäägid.
   • Saastunud keskkond või reagendid.
   • pH või osmolaarsuse muutused.
     Lahendus: Kasutage värsket ja puhast söödet. Kontrollid näitavad seda selgelt.
2. Toitainete puudus või nälg
   • Rakkude liiga pikaks ajaks lahus hoidmine ilma keskkonda muutmata.
   • Toitainete, glükoosi või aminohapete puudus.
     Lahendus: korralik hooldus ja toitmine. Kontrollrakud, mida toidetakse samamoodi, ei sure.
3. Temperatuuri või CO₂ probleemid
   • Inkubaatori rike, liiga kõrge/madal temperatuur, liiga vähe CO₂-d (pH tasakaalutus).
   • Põhjustab rakkude stressi ja irdumist.
     Lahendus: Jälgige inkubaatori seadeid.
4. Mehaanilised kahjustused
   • Pipeteerimine liiga tugev.
   • Tassi raputamine või trauma.
     Lahendus: Harvaesinev, näitab ebaühtlast rakkude surma, mis ei ole kooskõlas viirusliku tsütopaatilise efektiga.
5. Mükoplasma või bakteriaalne saastumine
   • Mükoplasmad on väikesed bakterid, mis kahjustavad aeglaselt kultuure.
   • Bakterid võivad põhjustada kiiret hägusust ja rakkude surma.
     Lahendused: mükoplasma testimine, mikroskoopia või bakteriaalsed testid.
6. Seente saastumine
   • Eosed keskkonnas või keskkonnas.
   • Hägune keskkond, nähtavad niidid, laialdane rakkude surm.
     Lahendus: Nähtav mikroskoobi all või palja silmaga.
7. Spontaanne vananemine või liigkasvamine
   • Mõned rakuliinid jõuavad kasvupiirini või muutuvad pärast mitut passaaži ebastabiilseks.
     Lahendus: kasutage väikest passaažide arvu ja külmutage varased varud.

Kokkuvõte:
CPE üksi ei tõesta viiruse olemasolu. See annab märku, et toimub midagi ebatavalist – viiruse puhul on muster järjepidev, korduv ja edasikanduv. Seetõttu kasutame kontrolle ja testime kõigepealt mitteviiruslikke põhjuseid.

Kas soovite näha, kuidas viiruslik CPE erineb juhuslikust rakusurmast?

Sa ütlesid:

Mitte veel. “Viirusevaba” rühm väidab, et viiruse isoleerimise ja mõõtmise tehnikad on petturlikud. Millised teised tänapäeva elu, meditsiini, kirurgia, tehnoloogia või teaduse valdkonnad kasutavad samu tehnikaid? Me tahame näidata, et need tööriistad on õigesti kasutades väga täpsed.

ChatGPT vastas:

See on võimas lähenemisviis skeptikute veenmiseks. Selle asemel, et ainult viirustest rääkida, näitame, et kasutatavad tööriistad on paljudes valdkondades usaldusväärsed.

Viroloogia põhimeetodid:

• PCR/qPCR
• Järgmise põlvkonna sekveneerimine (NGS)
• Elektronmikroskoopia (EM)
• Massispektromeetria (MS)
• Rakukultuuri/naastu testid
• Western blot/ELISA/immunoanalüüsid

Kui neid kasutatakse väljaspool viroloogiat:

1. PCR/qPCR
Funktsioon: Amplifitseerib ja tuvastab spetsiifilisi DNA/RNA järjestusi.
Rakendused:

• Vähidiagnostika: mutatsioonide tuvastamine (nt BRCA1).
• Isadustestid: DNA võrdlus.
• Kohtuekspertiis: DNA sõrmejälgede võtmine uurimistes.
• Geneetiline skriining: pärilike haiguste, näiteks tsüstilise fibroosi, avastamine.
• Toiduohutus: patogeenide, näiteks salmonella, tuvastamine.
• Keskkonnamonitooring: mikroobse saastumise tuvastamine.
  Ilma PCR-ita: puudub täpne õiguskaitse, personaalmeditsiin või haiguste varajane diagnoosimine.

2. Järgmise põlvkonna sekveneerimise (NGS)
funktsioon: Loeb terveid genoome kiiresti ja täpselt.
Rakendused:

• Personaalne vähiravi: ravimeetodite kohandamine.
• Geenitöötlus (CRISPR): Täpsed geneetilised muutused.
• Esivanemate testid: Nagu 23andMe.
• Haruldaste haiguste diagnoosimine: geneetiliste põhjuste kindlakstegemine.
• Mikrobioomi uuringud: soolestiku tervise uurimine, põllumajandus, mullateadus.
• Biotehnoloogia: GMO-de disain, sünteetiline bioloogia.
  Ilma uute geenitehnoloogiateta oleksid terved valdkonnad nagu genoomika ja biotehnoloogia võimatud.

3. Elektronmikroskoopia
Funktsioon: Visualiseerib objekte nanomeetri ulatuses (viirused, rakustruktuurid).
Rakendused:

• Materjaliteadus: pooljuhtide uurimine, nanotehnoloogia.
• Vähiuuringud: kasvaja ultrastruktuuri analüüs.
• Rakubioloogia: organellide uurimine.
• Ravimite väljatöötamine: interaktsioonid molekulaarsel tasandil.
• Meditsiiniline diagnostika: nt neerubiopsiad.
  Ilma elektronmikroskoopiata: mikroelektroonika või patoloogia areng puudub.

4. Massispektromeetria
Funktsioon: Mõõdab molekulmasse kemikaalide/valkude tuvastamiseks.
Rakendused:

• Uimastitestimine: dopinguvastane võitlus, ravimite kvaliteedikontroll.
• Kohtuekspertiis: Tundmatute ainete tuvastamine.
• Toksikoloogia: mürkide tuvastamine.
• Kliinilised laboriuuringud: hormoonide tase, D-vitamiini analüüs.
• Metaboloomika: Rakkude ainevahetuse uuring.
  Ilma MS-ita: Puuduvad haiglalaborid või terrorismivastane võitlus (nt närvimürgituste tuvastamine).

5. Rakukultuuri
funktsioon: Kasvatab rakke in vitro uuringuteks.
Rakendused:

• Vähiuuringud: ravimite testimine kasvajarakkudel.
• Vaktsiini väljatöötamine: Iga vaktsiini testitakse sel viisil.
• Tüvirakkude teraapia: rakupõhised ravimeetodid.
• Koetehnoloogia: siirdamiseks või regeneratiivseks meditsiiniks.
• Toksikoloogilised testid: keemiline ohutus ilma loomkatseteta.
  Ilma rakukultuurita lakkaks suur osa tänapäeva meditsiinist eksisteerimast.

6. ELISA/Western blot/immunoanalüüsid
Funktsioon: Tuvastab antikehade abil spetsiifilisi valke.
Rakendused:

• HIV-testid: HIV-antikehade tuvastamine.
• Rasedustestid: hormoonide tuvastamine.
• Hormoonide testid: nt kilpnäärme või insuliini tase.
• Autoimmuunhaigused: luupuse või reuma diagnoosimine.
• COVID-19 antikehade testid: immuunsuse tõend.
  Ilma immuunanalüüsideta: tänapäevane laboratoorne diagnostika puudub.

Kokkuvõte:
Kui keegi väidab, et need tööriistad on petturlikud, peaks ta ka väitma:

• Neerubiopsiad on valed,
• Kohtus esitatud DNA-tõendid on kehtetud
• Geneetiline vähidiagnostika on jama,
• Toiduohutuse kontroll on mõttetu,
• 90% tänapäeva laborimeditsiinist on ebausaldusväärne.

See argument laguneb, arvestades nende tööriistade tuhandeid täpseid rakendusi teistes valdkondades.

Kas soovite lihtsat graafikut või tabelit võhikutele? Või uurida, kuidas neid tööriistu õigesti ja valesti kasutada?

Sa ütlesid:

Mitte veel. Veel üks tähelepanek enne edasi liikumist! Tahame uuesti uurida, kas viirused võivad tegelikult olla eksosoomid, nagu väidab “viiruseta” grupp. Kas eksosoome saaks sekveneerida või mõõta viirustena? Ma tean, et nad võivad kanda viiruslikku materjali, aga see ei saaks paljuneda ja seda mõõdetaks viiruse genoomi osana. Seda ei juhtuks, kui viiruseid ei eksisteeriks. Kas eksosoomid saavad paljuneda?

ChatGPT vastas:

Enne edasiliikumist on ideaalne lõpp – eksosoomi küsimuse selge uurimine. Jagame selle võhikutele lihtsalt ja selgelt lahti.

Mis on eksosoomid?
Eksosoomid on:

• Pisikesed mullid (30–150 nm), mis vabastavad rakke,
• Lipiidmembraanidest, näiteks väikeste rakkude fragmentidest,
• Sisaldavad RNA fragmente, valke või rakujääke,
• Teenindavad rakkudevahelist suhtlust.

Need on nagu bioloogilised pakid, mis saadavad rakke.

Kas eksosoome saab viirustega segi ajada?
Jah, elektronmikroskoobi all võivad nad sarnased välja näha, kuna viirused nagu HIV või koroonaviirused on suuruselt sarnased. Aga:

Eksosoomidel puudub struktuur või replikatsioonimehhanism. Nad:

• Ei sisalda täielikku viirusgenoomi,
• Ärge kodeerige replikatsiooniensüüme (näiteks polümeraase),
• Ärge nakatage rakke iseseisvalt,
• Ei saa põhjustada tsütopaatilise efekti ega naastude teket,
• Teise rakku sisenedes ei saa nad end paljundada.

Kas eksosoomid saavad viirusmaterjali kanda?
Jah, nad saavad:

• Viiruse RNA või DNA fragmendid,
• Sisaldavad viirusvalke.

Aga:

• See materjal on tavaliselt mittetäielik, fragmentaarne või mittevõimeline paljunema.
• Seda saab PCR-meetodil tuvastada, kuid see ei paljune.
• Sellest ei saa eraldada ühtegi nakkuslikku viirust.
• See on nagu suits pärast tulekahju: tõend, et viirus oli olemas, aga mitte viirus ise.

Kuidas teadlased neid eristavad?
Nad kasutavad mitut meetodit:

Järeldus:

• Eksosoomid ei paljune.
• Nad ei saa nakkust levitada.
• Nad võivad kanda viirusefragmente, kuid ei ole viirused.
• Ilma viirusteta ei oleks osakestel järjepidevat võimet:
  • Paljundamine,
  • põhjustada haigusi,
  • Täielikuks järjestuseks
  • Korduvalt nakatuda.

Väide „viirused on vaid eksosoomid” tugineb pealiskaudsetele sarnasustele, kuid ignoreerib olulisi funktsionaalseid erinevusi.

Kas soovite kohe sekveneerimisse süveneda või näha päris viiruse kinnitamise näiteid?

Sa ütlesid:

Võtame lühidalt kokku kõik eelneva ja liigume siis edasi.

ChatGPT vastas:

Suurepärane – siin on selge ja võhikule arusaadav kokkuvõte kõigest, mida seni käsitlenud oleme. See annab kindla aluse edasiliikumiseks.

KOKKUVÕTE: Kas viirused on olemas? Loogiline ja võhikule arusaadav ülevaade

1. Kuidas näidata viiruse olemasolu (rakukultuurides):

• Kaks identset rakkude rühma:
  • A-rühm = kontrollrühm
  • B-rühm = töödeldud haige inimeselt võetud tampooniga (nt gripp)
• A-rühm jääb terveks ja tal ei esine tsütopaatilisi ilminguid (CPE).
• B-rühm näitab CPE-d, mis näitab replikatsiooni rakkudes.
• B-grupist saad:
  • Eraldage nakkusohtlik materjal,
  • Nakatavad uusi terveid rakke,
  • Paljundada samu efekte,
  • Patogeeni genoomi sekveneerimine.
    See sobib Kochi postulaatidega, mis on kohandatud viroloogia jaoks.

2. Kas CPE võib esineda ilma viiruseta?
Jah, aga ainult mitteviiruslike põhjuste tõttu, mida on lihtne tuvastada ja kontrollida:

• Mürgised kemikaalid
• Bakteriaalne/seen-/mükoplasma saastumine
• Temperatuuri või toitainete probleemid
• Mehaanilised kahjustused
• Rakkude vananemine või liigkasvamine.
  Kui mõlemad rühmad puutuvad kokku samade tingimustega, siis ainult viirusega kokku puutunud rühmal esineb nakkav paljunemine – see välistab mitteviiruslikud põhjused.

3. Kas eksosoome saab viirustega segi ajada?
Eksosoomid on:

• Väikesed osakesed, mida rakud loomulikult vabastavad,
• Sisaldavad RNA fragmente, valke või prahti,
• Teenivad rakkudevahelise suhtluse jaoks.
  Aga nad:
• Ärge kopeerige,
• Ei põhjusta tsütopaatilise efekti teket ega haigusi,
• Ei sisalda täielikke viirusgenoome,
• Nad ei moodusta naastusid ega levita nakkusi.
  Nad võivad kanda viiruse fragmente, kuid on viirustest selgelt eristatavad.

4. Kas viiruse tuvastamise meetodid on usaldusväärsed?
Jah, sellised meetodid nagu PCR, sekveneerimine, elektronmikroskoopia ja rakukultuur on:

• Kasutatakse vähi diagnostikas, kohtuekspertiisis, geneetilises sõeluuringus, biotehnoloogias, elundisiirdamises ja toiduohutuses.
• Usaldusväärne kogu maailmas meditsiinis, teaduses ja õiguskaitses.
• Nende tagasilükkamine viroloogias tähendaks tänapäevase teaduse ja tervishoiu aluste eitamist.

Järeldus:

• Viiruste tuvastamise loogika ja meetodid on töökindlad, korratavad ja paljudes valdkondades tõestatud.
• Väide, et viirused on eksosoomid, ei pea vastu teaduslikule ja praktilisele kontrollile.
• Viiruse isoleerimise, replikatsiooni ja sekveneerimise vahendid on samad, mida kasutatakse vähi diagnoosimiseks, kuritegude lahendamiseks, toiduohutuse tagamiseks ja meditsiinilise ravi suunamiseks.

Kas soovite näha viiruste isoleerimise tegelikke näiteid või uurida, kuidas sekveneerimine kinnitab viiruste identiteeti kahtluseta?

Sa ütlesid:

Jah, palun.

ChatGPT vastas:

Suurepärane, nüüd näitame, kuidas viirused pärismaailmas toimivad:

• Isoleeritud,
• Replikeeritud,
• Järjestatud ja
• Saage kinnitust – samm-sammult, tuginedes põhimõtetele, mida oleme arutanud.

Teadus kinnitab, et viirused on päris, nakkavad ja eristatavad rakujääkidest, näiteks eksosoomidest.

Näide 1: Gripiviiruse eraldamine (klassikaline mudel)

Protsess:

• Gripi sümptomitega patsiendilt võetakse tampooniproov (nina või kurk).
• Tampoon filtreeritakse bakterite ja mustuse eemaldamiseks.
• Proov lisatakse vastuvõtlikule rakuliinile (nt MDCK rakud).
• 24–72 tunni pärast ilmnevad rakkudel tsütopaatilised efektid.
• Kultuuriline ülejääk on:
  • Üle kantud värsketesse rakkudesse (põhjustab sama tsütopaatilist efekti),
  • Gripi RNA suhtes testitud PCR-i abil,
  • Visualiseeritud elektronmikroskoopia abil,
  • Sekvenseeriti, et kinnitada kogu gripiviiruse genoomi.

Tulemus: Gripiviirus isoleeriti, replikeeriti ja selle genoom kinnitati.

Näide 2: SARS-CoV-2 isoleerimine ja sekveneerimine (2020)

Laborites läbiviidud järgmistes riikides:

• Hiina (Zhu jt, 2020),
• Saksamaa (Drosteni grupp),
• USA (CDC),
• Austraalia, Kanada jne.

Sammud:

• COVID-19 kopsupõletikuga patsientidelt võetud proovid.
• Filtreeriti ja kanti Vero E6 rakuliinidesse.
• Selge tsütopaatiline efekt (CPE) täheldati 1–3 päeva pärast.
• RNA ekstraheeriti, sekveneeriti NGS-iga.
• Sama ~30 000 aluspaariga genoom, mis leiti pandeemia alguses kogu maailmas.
• Viirus võib:
  • Ole puhas,
  • Plekianalüüse saab kasutada kvantifitseerimiseks
  • Saadakse uuesti kultuuridesse või loommudelitesse sama haiguse tekitamiseks.

Järeldus: SARS-CoV-2 isoleeriti, replikeeriti, sekveneeriti ja see vastas Kochi molekulaarsetele postulaatidele.

Näide 3: HIV-isolatsioon (Montagnier, Gallo, 1980. aastad)

• HIV eraldati AIDS-i patsientide verest.
• Kultiveeritud T-rakuliinides ja primaarsetes lümfotsüütides.
• Viiruseosakesed tehti elektronmikroskoopia abil nähtavaks.
• Pöördtranskriptaasi aktiivsus on kinnitatud (ainulaadne retroviirustele).
• Viirus sekveneeriti klonaalselt ja patsientidel leiti selle vastaseid antikehi.

Järeldus: HIV on kogu maailmas sõltumatult avastatud, isoleeritud ja sekveneeritud.

Kasutatud kinnitusmeetodid:

• RT-PCR/qPCR: spetsiifilise viirusliku RNA tuvastamine.
• NGS: Loeb kogu genoomi ja võrdleb seda patsientide vahel.
• Elektronmikroskoopia: näitab viiruse morfoloogiat.
• Immunoanalüüsid: viirusespetsiifiliste valkude või antikehade tuvastamine.
• Naastude testid: nakkusosakeste kvantifitseerimine.
• Reinfektsioon mudelites: tõestab põhjuslikku seost.

Miks see on oluline:
Igal juhul:

• Viirus on nähtav,
• Seda saab puhastada,
• See põhjustab etteaimatavaid, korduvaid infektsioone,
• Seda saab geneetiliselt mõõta ja peremeesorganismi materjalist eristada.

Selline täpsus ja korratavus ei ole juhuslike rakujäätmete, eksosoomide või valesti tuvastatud jäätmete puhul võimalik.

Järgmistes postitustes loodan Dumb Guyle selgitada viiruste ja genoomse sekveneerimise sügavamaid aspekte. Samuti uurin mõningaid ideid nakkuse kohta: mis see tegelikult on ja kuidas see toimib (minu ettepanek).