Jon Fleetwoodi poolt
Kus lõpevad bioloogilised tõendid ja kus algab SARS-CoV-2 võltsitud, arvuti abil genereeritud ajalugu?
2026. aasta veebruaris ajakirjas Nature Methods avaldatud uuring kinnitab, et „enamik pandeemia ajal saadud SARS-CoV-2 genoomidest“ loodi rekonstrueerimismeetodi abil, mis võib viia „genoomides süstemaatiliste vigadeni“.
Need vead pole mitte ainult rikkunud üksikuid genoomi andmekogumeid.
Autorite sõnul järgnesid COVID-variantide lainetele „süstemaatiliste vigade lained“, millel oli „oluline mõju tuletatud fülogeneetilisele puule“ – see tähendab arvuti abil rekonstruktsioonile, mida kasutatakse SARS-CoV-2 väidetava arengu ja erinevate proovide vahelise geneetilise seose kirjeldamiseks.
Uuring paljastab, kuidas see juhtus: mõned tarkvaraprogrammid täitsid lihtsalt kohad, kus sekveneerimine andmeid ei andnud, SARS-CoV-2 võrdlusjärjestusest kopeeritud tähtedega.
Kuna seda viidet peetakse juba oletatavaks esivanemaks, võib väide “me ei tea, mis siia kirjutati” muutuda väiteks “esivanemate järjestus kirjutati siia”.
Need arvuti poolt ebaseaduslikult sisestatud tähed võivad seejärel saada valeandmeteks, mis viitavad sellele, et SARS-CoV-2 on muteerunud tagasi oma oletatava esivanema suunas.
Lõpuks pääsesid teadlased ligi miljonite pandeemiliste genoomide arhiveeritud sekveneerimisandmetele ja rekonstrueerisid need.
Selle tulemusel kadusid arvukad väidetavad evolutsioonilised sündmused, ligi 30 000 proovi liiniklassifikatsioon muutus ja hilisem analüüs näitas 1400 vähem väidetavat SARS-CoV-2 eraldi sissetoomist Ameerika Ühendriikidesse.
Väidetav bioloogiline minevik polnud muutunud.
Kuid selle mineviku rekonstrueerimiseks kasutatud arvuti abil loodud geneetiline salvestus on tõene.
See paljastab probleemi, mis on fundamentaalsem kui halb tarkvara.
Kui muutus arvutite poolt SARS-CoV-2 genoomide rekonstrueerimise viisis võis muuta mutatsioone, liini määramist ja rekonstrueeritud ülekandeajalugu, siis polnud need asjad lihtsalt viiruse tegevuse vaatlused.
Need olid järeldused, mis tehti järjestamisandmete arvutipõhiste rekonstruktsioonide põhjal.
Ja rekonstruktsioonid ise võivad olla valed.
Seega tõstatab uuring küsimuse, mis ulatub palju kaugemale konkreetsetest vigadest, mida Hunt jt parandasid:
Kus lõpevad bioloogilised tõendid ja kus algab arvuti abil genereeritud SARS-CoV-2 ajalugu?
“Enamik SARS-CoV-2 genoomidest”
Hunt jt kirjeldasid oma töö kokkuvõttes probleemi ulatust ebatavaliselt selgelt:
„Enamik pandeemia ajal saadud SARS-CoV-2 genoome määrati kattuvate genoomisegmentide („plaaditud amplikonide“) amplifitseerimise, nende järjestuste rekonstrueerimise ja ühendamise teel. See viib genoomides süstemaatiliste vigadeni, kui tarkvara ei arvesta amplikoni skeemi ega amplikoni sekveneerimisel esinevate vigade tüüpidega. Lisaks tuleb amplikoni skeeme aja jooksul ajakohastada, kuna viiruse uued mutatsioonid mõjutavad amplikonide otstes olevaid praimerite sidumissaite. Seega levisid pandeemia ajal üle maailma variantide lained, millele järgnesid genoomides esinevate süstemaatiliste vigade lained, millel oli oluline mõju tuletatud fülogeneetilisele puule.“
See osa esitab neli fakti.
- Enamik pandeemiast pärit SARS-CoV-2 genoome rekonstrueeriti amplifitseeritud, kattuvatest fragmentidest.
- See protsess võib viia “genoomides esinevate süstemaatiliste vigadeni”.
- Autorid ütlevad, et variantide lainetele järgnesid “süstemaatiliste vigade lained”.
- Ja neil vigadel oli väidetavale evolutsioonipuule “märkimisväärne mõju”.
See on oluline, sest puu ei ole pelgalt illustratsioon.
Rekonstrueeritud genoomide geneetilisi erinevusi kasutatakse selleks, et järeldada (eeldada), millised proovid on omavahel seotud, kus tekkisid mutatsioonid, millised proovid kuuluvad millistesse liinidesse ja kuidas need liinid väidetavalt varasematest põlvnevad.
Mis siis?
Süstemaatilisi vigu esines tõendites juba enne, kui need evolutsiooniliseks ajalooks muudeti.
Seega on põhiküsimus vältimatu:
Kui enamik SARS-CoV-2 genoomidest on läbinud rekonstrueerimisprotsessi, milles võivad esineda süstemaatilised vead ja need vead on oluliselt muutnud tuletatud fülogeneetilist puud, siis mil määral peegeldab COVIDi väidetav evolutsiooniline ajalugu tegelikke bioloogilisi reaalsusi ja mil määral see peegeldab seda, mida rekonstrueerimissüsteemi tarkvara on ekslikult tootnud?
Sekveneerimisandmed ei andnud vastust.
Hunt jt. läksid valmis GenBanki genoomidest kaugemale ja uurisid arhiveeritud sekveneerimistulemusi, mida nende loomiseks kasutati.
Oma täiendavas analüüsis otsisid Hunt jt spetsiaalselt GenBanki genoomide lõike, mida arhiveeritud sekveneerimistulemused ei katnud.
See tähendab, et puudusid sekveneerimislugemised, mis oleksid näidanud, millised geneetilised tähed tegelikult esinesid.
Sellest hoolimata väitis valmis GenBanki genoom, et teatud tähed vastasid võrdlusjärjestusele.
Teadlased ütlesid, et “lugemistest ei leitud tõendeid, mis toetaksid määramist A-le, C-le, G-le või T-le”.
Teisisõnu, aluseks olevad sekveneerimisandmed näitasid:
- Me ei tea, millised geneetilised tähed olid seotud.
Valmis genoom aga teatas:
- Need spetsiifilised geneetilised tähed olid siin olemas.
Sõltumata sellest, kui palju usaldust genoomi sekveneerimise vastu üldiselt pannakse, tekitavad need konkreetsed lüngad lihtsama probleemi:
Sekveneerimisandmed ei andnud vastust, kuid valmis genoomis oli see ikkagi olemas.
Mis siis?
Kui sekveneerimise lugemine ei suutnud tõestada, kas positsioon sisaldas A, C, G või T, siis ei saanud selles positsioonis kindlaks teha, kas väidetav viirus oli sama või erinev teisest.
Kuid just neid geneetilisi sarnasusi ja erinevusi kasutatakse hilisemates evolutsioonianalüüsides suhete ja muutuste rekonstrueerimiseks.
Kui alusandmed ei tõestanud olemasolevat, kuidas sai selge geneetiline järjestus selle asemele ilmuda ja seejärel olla õigustatud tõendiks selle kohta, mida SARS-CoV-2 väidetavalt tegi?
Arvuti andis infot oletatava esivanema kohta.
Hunt jt näitavad, kuidas see juhtus.
Mõned genoomi konstrueerimise programmid sundisid SARS-CoV-2 referentsjärjestuse segmente puuduvaid andmeid täitma.
Autorid kirjeldavad seda lähenemisviisi kui “valet eeldust”: kui piirkonnas polnud lugemisi, võis tarkvara ikkagi eeldada, et puuduv järjestus vastas viitenumbrile.
Ja evolutsioonilise analüüsi viide esindas SARS-CoV-2 oletatavat eelkäijajärjestust.
Seega toimus protsess järgmiselt:
Järjestuse tõendid puuduvad
→ Tarkvara lisab eeldatava eelkäijajärjestuse
→ Valmis genoom sisaldab üheselt mõistetavaid eelkäijamarkereid
→ Järgnev analüüs säilitab need sümbolid genoomi osana.
Valim ei andnud mingeid tõendeid nende tähtede kohta nendes positsioonides.
Arvuti sisestas need just seetõttu, et muid vihjeid polnud.
Hunt jt väidavad, et referentsjärjestuse osi kasutati lünkade täitmiseks “suures hulgas järjestustes” ja et see efekt üksi on “fülogeneetilise puu tagasiarengu oluline põhjus”.
Mis siis?
Teadlased püüdsid järeldada, kuidas proovid erinesid oma oletatavast esivanemast, samal ajal kui genoomi konstrueerimise tarkvara lihtsalt lisas selle oletatava esivanema proovi kõikjale, kus tõendeid polnud.
See pöörab argumendi tavapärase suuna vastupidiseks.
Selle asemel, et valim iseseisvalt ja otseselt tõestada, et see vastab eeldatavale esivanemale, pakkus vaste eeldatav esivanem ise.
Kuidas saab seda arvuti abil loodud sarnasust siis õigustatult pidada põlvnemise või evolutsiooni tõendiks?
Tõendite puudumine viis vale evolutsiooniteooriani.
Tagajärjed kajastusid evolutsioonipuus.
Mehhanism on lihtne.
Eeldatav esivanem:
A
Väidetav järeltulija:
G
Hilisem proov ilma sekveneerimistõenditeta:
?
Viide tarkvarast:
A
Täielikud genoomid näivad nüüd näitavat järgmist:
A → G → A
Evolutsiooniline analüüs viitab sellele, et SARS-CoV-2 muteerus oma oletatavast esivanemast eemale ja seejärel uuesti muteerus.
Kuid valim ei andnud kunagi lõplikku A-d.
Arvuti pani selle sinna.
Hunt jt. tuvastavad pandeemia evolutsioonipuude olulise artefaktide indikaatorina suure hulga pöördumisi.
Mis siis?
Väidetav sündmus SARS-CoV-2 bioloogilises ajaloos võib põhineda teabel, mida proovi asjakohasest osast kunagi ei saadud.
Epistemoloogiline ahel nägi nüüd välja selline:
Tõendite puudumine → arvuti abil genereeritud järjestus → tuletatud mutatsioon → väidetav viiruselugu.
Kui väidetav evolutsiooniline sündmus eksisteerib ainult seetõttu, et tarkvara algselt pakkus geneetilise seisundi, mis seda sündmust vajas, siis millised tõendid seda kinnitavad, olenemata sellest, kas väidetav viirus ise väidetava evolutsiooni üldse läbi tegi?
Variantide lained viisid süstemaatiliste vigade laineteni.
Hunt jt kirjeldavad probleemi, mis tekkis paralleelselt väidetava viirusega.
Väidetavalt sõltub plaaditud amplikoni meetod praimeritest, mis toimivad kindlates geneetilistes kohtades.
Autorite sõnul võivad uued mutatsioonid mõjutada neid praimerite seondumiskohti, mis nõuaks amplifikatsiooniskeemide ajakohastamist.
Seega tema tähelepanuväärne avaldus:
„Variantide lainetele“ järgnesid „genoomide süstemaatiliste vigade lained“.
Seega ei olnud veaprofiil kogu pandeemia vältel tingimata konstantne.
See võib muutuda, just nagu muutus väidetav viirus.
Mis siis?
Samad geneetilised muutused, mida teadlased püüdsid dokumenteerida, võisid kahjustada nende dokumenteerimiseks kasutatava süsteemi toimivust.
See viib epistemoloogilisse tagasisideprobleemini:
Teadlased kasutasid sekveneerimissüsteemi muutuvate variantide tuvastamiseks, samas kui muutuvad variandid võivad omakorda viia sekveneerimisest tulenevate genoomide süstemaatiliste vigade muutumiseni.
Kui variantide laine ajal ilmnes uus geneetiline muster, siis kui usaldusväärselt suutsid järgnevad teadlased eristada SARS-CoV-2 bioloogilist muutust uuest süstemaatilisest veast, mis tekkis seetõttu, et oletatav bioloogiline muutus mõjutas genoomi rekonstrueerimiseks kasutatud süsteemi?
Vead sisenesid evolutsioonipuusse.
Hunt jt teevad oma arutelus tagajärjed selgeks.
Nad kirjutavad:
“Erineva kvaliteediga mitmete genoomi kokkupaneku töövoogude, ebajärjekindlate kvaliteedikontrolli kriteeriumide ning viiruse ja amplikoni skeemide paratamatu koosarengu kasutamise tagajärjed viisid süstemaatiliste vigadeni genoomides ja seega ka fülogeneesis.”
See lause teeb selgeks, kuhu vead kadusid.
Genoomide sisse.
Ja sellest tulenevalt:
Evolutsioonipuusse.
Mis siis?
Kui vale geneetiline täht on juba valmis genoomi sattunud, ei tuvasta järgnev analüüs automaatselt, et see täht kujutab endast lubamatut artefakti, mitte bioloogilist reaalsust.
Sellest võib saada järjekordne andmepunkt, millest saab tuletada – mitte jälgida – esivanemaid ja evolutsiooni ning seejärel neid operatiivselt rakendada.
Autorid ise kirjeldavad probleemi kui katset eristada “artefakti bioloogiast”.
See on väga oluline:
Kui evolutsioonilist puud uurivad teadlased peaksid kindlaks tegema, kas selles esinev midagi kujutab endast „artefakti” või „bioloogilist reaalsust”, siis ei saa puud ennast lihtsalt samastada vaadeldava bioloogilise ajalooga.
Genoomide rekonstrueerimine kustutas oletatava evolutsiooni.
Hunt ja tema kolleegid kasutasid taas avalikult arhiveeritud sekveneerimisandmeid ning rekonstrueerisid miljoneid väidetavaid SARS-CoV-2 genoome, kasutades standardiseeritud torujuhet nimega Viridian.
Seejärel võrdlesid nad saadud evolutsioonilist puud GenBankil põhineva puuga.
GenBanki puu sisaldas 63 genoomi positsiooni vähemalt 200 oletatava pöördumisega.
Viridiaanide sugupuu sisaldas:
20.
Väidetavad viirused ei olnud ajas tagasi rännanud ega olnud muutunud.
Arvuti loodud esitus oli muutunud.
Ja suur hulk väidetavaid evolutsioonilisi sündmusi kadus.
Mis siis?
See tähendab, et kõiki neid sündmusi ei saa käsitleda iseseisvalt kindlaks tehtud faktidena SARS-CoV-2 bioloogilise toimimise kohta.
Vähemalt mõned sõltusid sellest, kuidas arvutid teisendasid sekveneerimisandmed valmis genoomideks.
Kui aluseks olev bioloogiline minevik on küll kindlaks tehtud, kuid rekonstruktsioon muudab oletatavat evolutsioonilist ajalugu – millist neist siis teatatakse, kui teadlased ütlevad: „Viirus on edasi arenenud”?
Ligi 30 000 isendit muutsid oma päritolu.
Mõjud laienesid ka oletatavatele viirusliinidele antud nimedele.
Hunt jt leidsid 29 475 proovi, mille määramine Pango-Coronaviiruse liinidesse erines sõltuvalt sellest, kas kasutati GenBanki genoomi või Viridiani rekonstruktsiooni.
Proovid ise ei olnud muutunud.
Kuid nende arvuti loodud geneetiline esitus oli muutunud.
Ja kui see esitusviis muutus, muutus ka peaaegu 30 000 valimi klassifikatsioon.
Mis siis?
„See proov kuulus liinile X” kõlab nagu proovis avastatud olemuslik bioloogiline fakt.
Nendes proovides sõltus vastus aga sellest, milline sekveneerimisandmete rekonstruktsioon edastati liini klassifitseerimissüsteemi.
Kui proovi päritolu võib muutuda, kui selle arvuti abil rekonstrueeritud genoom muutub, siis kus lõpeb bioloogiline identiteet ja kust algab algoritmiline klassifitseerimine?
COVIDi USA-sse toomise rekonstrueeritud ajalugu on muutunud.
Seejärel uurisid „Nature Methodsi“ teadlased, kas genoomide rekonstrueerimisel on evolutsioonipuust kaugemale ulatuvaid tagajärgi: nende rekonstrueerimine selle kohta, kui sageli SARS-CoV-2 erinevatesse riikidesse sisse toodi.
Hunt jt analüüs, mis kasutas GenBanki algseid genoome, näitas:
- 15 026 eraldi SARS-CoV-2 sissetoomist Ameerika Ühendriikidesse.
Kasutades genoome, mille Hunt jt. olid arhiveeritud sekveneerimisandmete põhjal rekonstrueerinud:
- 13 626.
Seega said teadlased USA-sse 1400 vähem tuletatud importi pärast seda, kui nad muutsid oma analüüsitud sekveneerimisandmete rekonstrueerimise viisi.
Hunt jt selgitavad, et genoomivead võivad eraldada proove, mis oleksid pidanud olema rühmitatud, mis viis nende geograafilise analüüsi abil täiendavate kunstlike „sissejuhatuste“ tuletamiseni.
On oluline, et meeskond ei omistaks kõiki 1400 juhtumit konkreetselt viite täitmise veale.
Nende rekonstrueeritud genoomid parandasid mitut tüüpi vigu.
Epistemoloogiline tagajärg on aga põhimõtteline.
Ei arv 15 026 ega arv 13 626 tähenda, et teadlased jälgisid otseselt, kuidas SARS-CoV-2 nii sageli Ameerika Ühendriikidesse sisenes.
Mõlemad arvud on trendid, mis tulenevad arvuti abil rekonstrueeritud genoomide vahelistest geneetilistest seostest.
Genoomide muutmine muudab tuletatud ajalugu 1400 oletatava sissetoomise võrra.
Mis siis?
Digitaalsete genoomide loomisel tekkinud vead olid nii olulised, et need muutsid sama teadlaste mudeli ennustusi pandeemia tegeliku kulgemise kohta.
Kui geneetiliste andmete rekonstrueerimine suudab Ameerika Ühendriikides kustutada 1400 SARS-CoV-2 tuletatud kirjet, siis kui palju teisi väiteid viiruse väidetava päritolu, leviku ja leviku kohta ei sõltu otseselt vaadeldud sündmustest, vaid pigem konkreetsest arvutipõhisest rekonstruktsioonist, mida nende tuletamiseks kasutati?
Põhiprobleem ulatub COVIDist kaugemale
Hunt jt esitlevad Viridiani osaliselt lahendusena tulevastele epideemiatele ja pandeemiatele.
Nad loodavad eriti, et nende töö vähendab puude uurimisele ja “esemete eristamisele bioloogilistest nähtustest” kuluvat aega.
See sõnastus toob esile probleemi algpõhjuse.
Lõplik geneetiline dokument võib sisaldada mõlemat.
Ja uurijatel võib olla vaja hiljem kindlaks teha, mis on mis.
See pole oluline ainult SARS-CoV-2 kontekstis, sest tänapäevane geneetika töötab rutiinselt mitmel tasandil: bioloogiline materjal annab mõõteseadmetest mõõtmisi; tarkvara teisendab need mõõtmised geneetilisteks leidudeks; arvutikanalid ühendavad need leiud järjestusteks; algoritmid võrdlevad neid järjestusi; ja mudelid tuletavad nendest sugulussuhteid, esivanemaid ja evolutsioonilist ajalugu.
Hunt jt ei tõesta, et genoomi sekveneerimine on üldiselt kehtetu.
Nad jõuavad täpsema järelduseni.
Ja üks, mis on epistemiliselt oluline:
Valmis genoom ei ole automaatselt kooskõlas aluseks olevate teadmistega ning sellest genoomist tuletatud bioloogiline seletus sisaldab vigu, mis selle loomisel tekkisid.
See eristus muutub oluliseks, kui keel need tasemed ühendab.
- Rekonstrueeritud järjestus saab “genoomiks”.
- Rekonstrueeritud genoomide erinevusest saab “mutatsioon”.
- Matemaatiliselt tuletatud seos muutub “laskumiseks”.
- Tuletatud sugupuust saab “evolutsiooniline ajalugu”.
Millisel selle ahela hetkel muutus instrumendipõhine vaatlus arvutipõhiseks järelduseks?
Ja millisest hetkest alates esitati see järeldus nii, nagu oleks see bioloogiline sündmus ise?
Kokkuvõte
Ajakirjas “Nature Methods” avaldatud uuring näitab, et SARS-CoV-2 genoomidesse on hiilinud süstemaatilised vead, mis on oluliselt mõjutanud neist loodud väidetavat evolutsioonilist puud.
Ühes dokumenteeritud veajuhtumis täitis tarkvara piirkonnad oletatava eelkäijajärjestusega, kuigi aluseks olevad sekveneerimisandmed ei andnud mingit viidet selle kohta, mis seal tegelikult asus.
Need arvuti abil genereeritud tähed võivad seejärel saada viiruse evolutsiooni valetõenditeks.
Kui Hunt jt rekonstrueerisid arhiveeritud sekveneerimisandmete abil miljoneid genoome, kadusid oletatavad evolutsioonilised sündmused, liinide klassifikatsioon muutus peaaegu 30 000 proovi puhul ja nende rekonstrueerimise tulemusel leiti USA-sse 1400 vähem tuletatud sissetoomist.
Väidetav bioloogiline minevik ei olnud muutunud; arvuti abil genereeritud geneetiline fail oli muutunud ja sellest tuletatud ajalugu oli koos sellega muutunud.
Seega ei seisne põhiprobleem lihtsalt selles, et mõned genoomid sisaldasid vigu.
Pigem seisneb see selles, et arvuti abil rekonstrueeritud genoome kasutati tõendina mutatsioonide, liinide, päritolu, evolutsiooni ja edasikandumise ajaloo kohta, kuigi uuring näitab, et rekonstruktsioon ise võib anda valesid bioloogilisi tõendeid.
See jätab keskse küsimuse:
Kui suur osa väidetavast COVID-19 geneetilisest ajaloost või alibist oli aluseks olevate bioloogiliste tõendite poolt toetatud ja kui suur osa sellest genereeriti arvutipõhiste süsteemide abil, mida kasutati nende tõendite genoomideks, evolutsioonipuudeks ja väideteks SARS-CoV-2 väidetava toimimise kohta?
